Pero allí estalló enseguida la rebelión del teniente coronel Felipe Santiago Salaverry, quien ordenó la prisión de Nieto.

Desembarcó en Huanchaco (norte peruano) y organizó una vez más la defensa de la legalidad.

Su propuesta fue desoída, por lo que se embarcó nuevamente para Chile, muy decepcionado, viviendo un tiempo en Santiago y Valparaíso.

Establecida la Confederación Perú-Boliviana encabezada por Santa Cruz, Nieto se mantuvo fiel a la autoridad legal de Orbegoso, quien en 1837 fue elegido presidente del Estado Nor-Peruano, creación geopolítica que junto con el Estado Sud-Peruano y Bolivia integraba dicha Confederación.

Orbegoso, indeciso al principio, terminó por plegarse a dicha causa.

Pero Orbegoso, Nieto y Vidal rechazaron tal alianza al ver en los chilenos una nueva amenaza contra la independencia nacional.

Los orbegosistas fueron derrotados y Nieto se refugió en el Callao, hasta que de manera voluntaria partió a Guayaquil, optando así por el destierro.

Decidió volver al Perú cuando Santa Cruz, ya derrotado y prófugo, se refugió en Ecuador.

Hecha la paz con los bolivianos, Nieto ofreció su apoyo a la autoridad constitucional representada por el general Juan Francisco de Vidal, en contra del pronunciamiento ilegal del general Juan Crisóstomo Torrico.

Fue enviado al destierro, rumbo a Chile, pero interrumpió la travesía y desembarcó en Arica.

Dominó todo el sur del Perú, con excepción de Arequipa, inquebrantable en su vivanquismo.

Tuvo sin embargo tiempo para redactar dos proclamas, una dirigida a la Nación y otra al Ejército.

El episodio del combate singular de Nieto con el lancero venezolano José María Camacaro es fidedignamente histórico aunque parezca ya legendario: Según lo indicado por el historiador Carlos Dellepiane, al ver a su jefe muerto los soldados grancolombianos del escuadrón "Cedeño" no aceptaron la derrota de su jefe y atacaron a los "Húsares de Junín", pero estos lograron derrotarlos y acuchillaron a casi todos sus efectivos reduciéndolo a 6 o 7 hombres aproximadamente, consiguiendo los "Húsares de Junín", con su acción, impedir que las armas de la Gran Colombia obtengan una victoria total sobre las armas peruanas.