Durante el gobierno de José María Urbina, Rafael Carvajal fue desterrado del territorio ecuatoriano a la República del Perú debido a su oposición al presidente mediante la prensa escrita.

Regresó al Ecuador después que el nuevo presidente Francisco Robles decretará un indulto general en 1856.

Nombrado como miembro suplente del Gobierno Provisional en oposición al presidente, Rafael Carvajal debe huir de Quito, debido a la derrota de Gabriel García Moreno (líder del Gobierno Provisional) en la batalla de Tumbuco dejando paso libre a las tropas del general José María Urbina que recuperan la ciudad.

[1]​ El asesinato del presidente Gabriel García Moreno en 1875 y su sucesión por parte de Antonio Borrero produjo una nueva guerra civil acaudillada por los liberales que deseaban derogar la Carta Negra que el presidente Antonio Borrero se negó a realizar.

[4]​ Rafael Carvajal decidió refugiarse en la capital peruana (Lima) donde se dedicaría a la escritura y la poesía hasta su fallecimiento en 1878.