Batalla de Guayaquil

Esto, sumado a otros asuntos internos, hacen que Francisco Robles renuncie a su cargo el 1 de mayo de 1859, dejando inestabilidad política en el país, con lo cual se crean varias Jefaturas Supremas.

Gabriel García Moreno toma el liderazgo desde Quito, mientras que Guillermo Franco Herrera asume el poder desde Guayaquil.

[6]​ En el gobierno del general Francisco Robles se presentaron varios problemas, tanto internos como externos, para el Ecuador.

[9]​ Sin embargo, Robles tomó su doble papel como Presidente y General de la República, e intentó preparar al ejército ecuatoriano ante cualquier invasión peruana.

Para octubre de 1859, cerca de 5.000 tropas peruanas estaban preparadas para invadir varios sectores del litoral ecuatoriano, y entre sus puntos principales se encontraban Guayaquil, Babahoyo, Ventanas, entre otros.

El presidente Ramón Castilla, al ver que no existirían avances en las negociaciones con García Moreno, inició diálogos con Guillermo Franco Herrera entrevistándose ambos en primera instancia en el vapor peruano Tumbes.

Al enterarse de lo pactado entre Franco y Castilla, desde Quito, Gabriel García Moreno inició los diálogos con Francia, proponiendo que Ecuador pase a ser protectorado de aquella nación, mediante las Cartas a Trinité.

Pocos meses después el presidente San Román falleció por su avanzada edad y el gobierno ecuatoriano presidido por García Moreno, decretó luto nacional por tres días, así como también otras honras fúnebres en su memoria.