Apoyó al general Agustín Gamarra hasta su derrota en la batalla de Ingavi, donde tuvo una mala actuación, que contribuyó en parte a la victoria boliviana (1841).

Miguel Pascual tuvo que ocultarse en Puno, pero fue capturado y luego fusilado por orden del virrey Joaquín de la Pezuela.

Se cuenta que el joven Miguel fue obligado a presenciar la ejecución de su padre.

[2]​ Superando tan dolorosa experiencia, San Román pasó al Cuzco donde culminó sus estudios para luego enrolarse en el Ejército Real del Perú.

Desembarcó luego en Huanchaco, en la costa norte, y se unió al ejército del libertador Simón Bolívar, participando en la campaña libertadora de 1824 que culminó con las batallas de Junín y Ayacucho.

Secundó el golpe de Estado del general Gamarra contra el presidente José de La Mar, a quien tomó prisionero en Piura, enviándole al exilio rumbo a Costa Rica.

Volvió al Perú al año siguiente y se unió con Gamarra en la lucha contra los invasores bolivianos, dirigidos por el presidente Andrés de Santa Cruz con el fin de establecer la Confederación Perú-Boliviana.

San Román fue sorprendido durante un reconocimiento, siendo capturado y enviado prisionero a Bolivia, de donde retornó a fines de 1838, cuando ya un ejército aliado peruano-chileno luchaba contra los confederados.

Se mantuvo leal al segundo gobierno constitucional de Gamarra.

Bajo el mando del general Ramón Castilla participó en la campaña contra la revolución regeneracionista iniciada en Arequipa por el coronel Manuel Ignacio de Vivanco.

[2]​ Regresó a Lima y acompañó al presidente Gamarra en la campaña contra Bolivia.

Para colmo, en su retirada hacia el Perú, destruyó el puente sobre el Desaguadero, cuando la infantería peruana se encontraba aún en suelo boliviano.

[2]​[6]​ Fue ministro de Guerra en el gobierno provisorio del vicepresidente Manuel Menéndez[7]​ y en 1845 fue elegido senador por Puno.

[11]​ Volvió en 1854 para sumarse a la revolución liberal que había iniciado en Arequipa el general Castilla, con quien se reconcilió.

[12]​ Demostró una vez más su habilidad en organizar fuerzas y trasladarlas a través de agrestes parajes cordilleranos.

[13]​ Elegido diputado por Puno a la Convención Nacional de 1855[14]​ (Congreso Constituyente), presidió sus sesiones entre 1855 y 1856.

[16]​[17]​ Al finalizar en 1862 el segundo gobierno de Castilla, se vislumbró una enconada lucha electoral entre tres candidatos: el mariscal Miguel San Román, el general Juan Antonio Pezet y el doctor Juan Manuel del Mar; el primero contaba con el apoyo oficial de gobierno.

Su gabinete ministerial lo conformaban las siguientes personalidades: José Gregorio Paz Soldán (Presidencia del Consejo de Ministros y Relaciones Exteriores); Antonio Arenas (Gobierno); Melchor Vidaurre (Justicia); el general Isidro Frisancho (Guerra) y el coronel José Santos Castañeda (Hacienda).

A decir del historiador Jorge Basadre, se destacó por su tino y cordura como gobernante.

En las elecciones para renovar la Municipalidad de Lima volvió a surgir la pugna entre echeniquistas y vivanquistas; triunfaron los primeros y llegó a ser alcalde Antonio Gutiérrez de la Fuente.

[23]​ Entre las medidas importantes que se dieron en este corto mandato, están las siguientes: A principios de 1863 el presidente San Román enfermó, trasladándose entonces a su residencia situada en el balneario de Chorrillos, donde continuó trabajando con sus ministros.