Volvería el 5 de febrero de 1876, y el 8 de septiembre, cuando estalló en Guayaquil la revolución en contra del gobierno del Dr. Antonio Borrero, iniciando su actuación y obteniendo una impresionante triunfo militar en el combate de Los Molinos, que complementando el triunfo de Galte puso fin al gobierno del Dr. Borrero.

Dos meses más tarde, el 6 de agosto obtuvo un triunfo en la Batalla de Chimbo, cuando las tropas a su mando derrotaron a las del Crnel.

Manuel J. Castillo, que al mando del batallón Babahoyo trataba de mantener en el poder al Dr. Vicente Lucio Salazar.

Alfaro- intervino de manera destacada y determinante en la Batalla de Gatazo, logrando que Alfaro llegue al poder.

Organizado el gobierno liberal y en reconocimiento a sus servicios, el General Alfaro lo nombró Ministro de Guerra, y como tal se encargó de estructurar y reorganizar al ejército; pero más tarde, por alguna razón sólo conocida por el propio Alfaro y guardada muy celosamente por él, lo destituyó del cargo y su nombre fue borrado del escalafón militar, muriendo en Guayaquil el 11 de marzo de 1898.