Pero todo tomó otro rumbo cuando el presidente peruano declaró que en realidad no quería la guerra con el Ecuador, sino más bien la caída del poder de Francisco Robles y José María Urbina.

[16]​ Los opositores Gabriel García Moreno y Pedro Moncayo recibieron la orden de destierro por parte del gobierno.

Guillermo Franco sería quien frustró el golpe militar al asesinar a Darquea.

La muchedumbre congregada decide pronunciarse contra el presidente Robles y declarar su deposición.

[16]​ El gobierno provisional de Quito enviaría una carta al presidente Francisco Robles que se encontraba domiciliado en Guayaquil exigiéndole la renuncia.

Sin embargo el presidente decide declarar a Quito como rebelde y enviar al ejército para aplastar la rebelión hecho que desencadena la guerra civil.

[16]​ Gabriel García Moreno recibió la noticia del cambio efectuado en Quito mientras se encontraba en la capital política peruana (Lima) decidiendo regresar al Ecuador para liderar el gobierno provisional.

[78]​ Rafael Carvajal como miembro suplente del gobierno provisional de Quito había conseguido en Pasto un grupo de voluntarios y mercenarios (entre ellos se encontraba como mercenario Faustino Rayo) para reconquistar Quito.

El general Guillermo Franco ahora proclamado Jefe Supremo del Guayas obtiene el apoyo y beneplácito del contraalmirante peruano Ignacio Mariátegui y Tellería para sostener su dictadura regional.

Acordaron estos autorizar al general Guillermo Franco para reunirse con el presidente peruano Ramón Castilla como representante del Ecuador unificado, bajo condición que el Ecuador no aceptaría enajenar su territorio a otro país extranjero bajo ningún pretexto.

Con esa base, el tratado reconocía la soberanía peruana sobre las tierras que Ecuador pretendía ceder.

[8]​ Con la llegada del año 1860 Cuenca fue completamente invadida por el ejército del gobierno provisional de Quito comandado por el general Manuel Tomás Maldonado y el general Secundino Darquea, siendo defendida por las fuerzas franquistas al mando del general Fernando Ayarza, el coronel Raimundo Ríos y el capitán Patricio Vivero que al verse sometidas ante la superioridad numérica del bando conservador, huyen del campo de batalla, resultando capturado el general Fernando Ayarza, ante su captura Fernando Ayarza sería conducido a Quito, donde en un principio lo iban a condenar a muerte dada su relación con el bando de Francisco Robles y Guillermo Franco,[8]​sin embargo ante la intervención Roberto Ascázubi, Manuel Gómez de la Torre y José María Avilés, fue declarado en libertad, por sus antecedentes como héroe de guerra durante las campañas independentistas, bajo condición de que le diera una absoluta lealtad al gobierno de Quito.

Con la noticia del castigo que se le dio al general Fernando Ayarza, entre 300 hasta casi 1000 soldados presentaron su renuncia al bando conservador, los cuales se unieron al bando franquista, por su parte el general Guillermo Franco ordenó el avance de sus tropas quienes lograron conquistar la ciudad Babahoyo, la cual se encontraba en resguardo del bando conservador.

[8]​ En Guaranda donde se encontraba el principal campamento del ejército del gobierno provisional de Quito fueron organizadas las fuerzas para librar la última batalla contra el bando liberal, al mando del general Juan José Flores y Gabriel García Moreno contra las fuerzas liberales controladas por el general Guillermo Franco en la costa ecuatoriana.

[8]​ García Moreno en el ejercicio de su poder dictatorial emitió dos decretos: el primero rehabilitaba al general Juan José Flores y su familia, le devolvía sus propiedades confiscadas y le confirmaba el cargo vitalicio de general en Jefe del ejército ecuatoriano ganando con esto mayor influencia y poder en Ecuador, sin embargo asumiría Juan José Flores el cargo durante cuatro años, donde sería derrotado en la batalla de Cuaspud contra el general Tomás Cipriano de Mosquera,[80]​hasta su asesinato a manos del general José María Urbina en el combate de Santa Rosa,[81]​por parte de su hijo Antonio Flores Jijón reconocido como héroe de batalla por disposición del presidente García Moreno fue enviado a Francia para proponer el plan del protocolo francés al emperador Napoleón III,[82]​en dicho cargo también envió cartas credenciales al presidente Abraham Lincoln, al confederado Jefferson Davis y la reina Victoria de Gran Bretaña.

Esto le permitiría a García Moreno durante sus presidencias impulsar la educación trayendo a científicos como Luis Sodiro, Franz Teodoro Wolf y Juan Bautista Menten que desarrollarían la biología, la geografía y la astronomía respectivamente a través de la creación de la Escuela Politécnica y el Observatorio Nacional.

[8]​ Convocadas las elecciones a la asamblea constituyente para restaurar la estabilidad constitucional e institucional del país, Gabriel García Moreno es elegido Presidente Constitucional de la República por la asamblea constituyente para el período (1861-1865).

[91]​ Una vez que finalizó la guerra civil y viéndose obligados a exiliarse a Perú, el expresidente Francisco Robles, junto al general José María Urbina, el general Guillermo Franco y el coronel Cornelio Vernaza,[8]​sin fuerza política en el Ecuador y con la noticia de la constante represión política de Gabriel García Moreno a los liberales, comandaron diferentes conspiraciones o intentos de golpes de estado con el apoyo de varios soldados, literarios o políticos entre ellos Eloy Alfaro,[92]​ en un intento de tomar el control del gobierno ecuatoriano,[93]​[94]​pero cada movimiento resultó en un fracaso, ya que todas fueran detenidas por sus generales Francisco Salazar, Julio Sáenz y Secundino Darquea, del mismo modo se cobró la vida de varios liberales como los capitanes José María Robles,[92]​José María Vallejo, Daniel VIteri,[95]​ o el literario Juan Borja y Lizarzaburu,[96]​cómo soldados que desertaron del ejército de Gabriel García Moreno entre ellos al general Manuel Tomás Maldonado,[96]​ y el coronel José de Veintimilla,[97]​a su vez enfrentaría la sublevación de diferentes comunidades indígenas encabezadas por diferentes líderes comuneros como Agustín Miranda,[98]​Antonio Obado, [99]​Fernando Daquilema,[100]​Manuela León, Francisco Buñay y Julian Manzano.

Además también se discutió si los gobernadores debían poder ser determinados por el ejecutivo o por votación de cada provincia.

Años más tarde, en 1880 se crearían las nuevas provincias con lo que quedaría definido la división entre Costa y Sierra.