Al producirse la Revolución marcista combatiría a las fuerzas de los generales Antonio Elizalde donde perdería una pierna.[24] En el año 1858 fuerzas navales peruanas, al mando del vicealmirante Ignacio Mariátegui y Tellería que con 5000 hombres bloqueó el puerto de Guayaquil,[25] el capitán Vallejo fue puesto como jefe de operaciones de la costa meridional.[10] En 1865 los expresidentes José María Urbina y Francisco Robles, organizarían una expedición con el objetivo de derrocar al gobierno de García Moreno, se apoderarían de varios buques entre ellos del vapor fluvial “Washington”, el vapor de guerra “Guayas” donde moriría su comandante a fin a la causa del gobierno y el “Bernardino” comandando por el capitán Vallejo el 31 de mayo.[27] Al ser capturado junto a 45 liberales, serían llevados al sector de Punta de Piedra donde junto al capitán José María Robles y Canelos, serían fusilados en las playas por las fuerzas gobiernistas, a Ventura, hijo del comandante Vallejo, lo hizo fusilar a la vista de su padre, suspendiendo la ejecución de éste para que primero presenciara la del joven, que se había agregado a los expedicionarios con el solo fin de servir a su padre, falto de una pierna y de edad avanzada.[10] Según las crónicas el viejo capitán, enloqueció y después de que el capitán Canelos maldijera a los gobiernistas este diría: .
Príncipe fránces que aspiraba a tener el trono ecuatoriano.
"Vie Illustrée de García Moreno" publicado en
Francia
por Charles D`Hallencourtm en 1887 conmemorando la
batalla de Guayaquil
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"Vie Illustrée de García Moreno" publicado en Francia por Charles D`Hallencourtm en 1887 conmemorando el Combate naval de Jambelí de 1865.