[2]​ El principal líder ideológico para la creación de la Gran Colombia fue el Libertador Simón Bolívar, quien pretendía crear una nación lo suficientemente fuerte como para competir económicamente con las potencias europeas y mantener su independencia.

Simón Bolívar concluyó que se debía construir una nación con una sólida base unitaria, tal como lo dejó ver en su Carta de Jamaica.

En 1827 el congreso hizo un cambio constitucional para excluir desde los sargentos hacia abajo de tal manera que solo podían votar los oficiales.

Sin embargo, las divisiones entre venezolanos y neogranadinos se acrecentaron en vista de la demora en las reformas constitucionales que pedía la ciudadanía, intensificándose en los años posteriores.

La confianza que el Libertador depositaba en sus más cercanos colaboradores militares, en su mayoría venezolanos e ingleses, y los frecuentes excesos de éstos, agregaron un motivo más a las divergencias existentes entre Bolívar y los miembros del Congreso.

Bolívar, con su ferviente deseo de ver una Gran Colombia unida, solicitó mayores poderes como último recurso.

[5]​ También proyectó una constitución que había desarrollado en la que se incluía Perú y Bolivia (pues esta última ya se había separado del Río de la Plata), con un fuerte gobierno central y una presidencia con poderes dictatoriales.

Estas medidas crearon una atmósfera de tensión, que finalmente incendiaron a los santanderistas pues vieron en esa propuesta un retroceso a la monarquía, Francisco de Paula Santander le escribió, para expresarle su desacuerdo con su posición; "Además, no he luchado catorce años contra Fernando VII para tener ahora un rey que se llame Simón I".

Este, semidesnudo, protegido por miembros de la servidumbre y por Manuelita Sáenz, permaneció varias horas escondido bajo un puente del río San Francisco.

El proyecto de la constitución para la Gran Colombia quedaba igualmente sin grandes defensores.

Caicedo solicitó al Congreso no expedir la misma sin antes asegurarse de su aceptación en Venezuela.

Cúcuta, Casanare y Pamplona también solicitaron ser anexadas pero a territorio venezolano.

La Gran Colombia después de estas desmembraciones quedó constituida solamente por la región central, que en ese entonces comprendía los antiguos departamentos de Boyacá, Cauca, Cundinamarca, Magdalena e Istmo.

Debido a la crisis ocasionada por la renuncia del libertador y la desmembración de la Gran Colombia, Espinar, apoyado por las masas del arrabal capitalino, se rebeló contra el gobierno imperante esperando la vuelta de Bolívar al poder.

Así procedió José Domingo Espinar, si bien al poco tiempo se produciría otro movimiento sececionista.

Sin embargo, los métodos usados por Alzuru fueron crueles y arbitrarios que hicieron peligrar los intereses de la clase dominante panameña.

Herrera logró capturar a Alzuru y lo fusiló el día 29 de agosto.

Una vez que Herrera se alzó victorioso, le fue encomendada la organización de dicho territorio.