[14]​ En 1826, año en que se celebró el Congreso Anfictiónico en la capital istmeña, Panamá rechazó la constitución bolivariana, pero esto no fue obstáculo para que en ese año se produjera la primera tentativa de separación de la Gran Colombia.

Las provincias que geográficamente ocupaban la parte central de la desintegrada Gran Colombia, que en ese entonces comprendía los antiguos departamentos de Boyacá, Cauca, Cundinamarca, Magdalena e Istmo (Panamá) decidieron formar un nuevo Estado.

Concha rechazó la propuesta dejando en claro que la soberanía de Colombia en el istmo no estaba en discusión, y solicitó el aumento de la suma ofrecida a Colombia para ceder a Estados Unidos la concesión del canal una vez la compañía francesa hubiese vendido sus derechos.

[7]​ El tratado Herrán–Hay fue atacado en el Senado por el expresidente Miguel Antonio Caro, principal opositor de Marroquín.

José Agustín Arango, político istmeño, empezó a trabajar en secreto en la preparación del movimiento separatista.

Pero la parte operativa, la de mayor riesgo, le tocó a Amador Guerrero, quien viajó a Estados Unidos en busca de apoyo para el plan, ya que las fuerzas norteamericanas habían ayudado en el pasado al ejército colombiano.

Sin embargo, un rumor generado en Colombia estuvo a punto de dar al traste con el plan.

Una vez llegados a Ciudad de Panamá, Juan B. Tovar y sus otros oficiales fueron arrestados por instrucciones del general Esteban Huertas, quien estaba al mando del Batallón Colombia, cuya jefatura pretendía reemplazar al recién llegado general.

Al enterarse de la inminente acción revolucionaria, el comandante John Hubbard del buque estadounidense «Nashville», entonces en las aguas del puerto y quien había retrasado previamente el desembarco de las tropas colombianas en Colón, procedió a impedir su transporte y cualquier desembarco posterior, argumentando que debía respetarse la "neutralidad" del ferrocarril, un argumento que las autoridades norteamericanas habían empleado en anteriores ocasiones en sentido contrario.

[cita requerida] Apresado el contingente militar colombiano y congelada la movilización de las tropas en Colón, se apresuraron las acciones para declarar la separación del Istmo.

La Junta Revolucionaria procedió entonces a declarar esa misma tarde, la separación del Istmo.

Por representar a la autoridad colombiana fue puesto bajo custodia el gobernador José Domingo de Obaldía.

Una escuadrilla naval anclada en la bahía de Panamá fue obligada a rendirse sin oponer resistencia.

La delegación panameña que estaba formada por Constantino Arosemena, Tomás Arias y Eusebio A.

Colombia envía entonces otra delegación del más alto nivel, en la cual sobresalían el general Rafael Reyes, Pedro Nel Ospina, Jorge Holguín y Lucas Caballero.

No hubo acuerdo entre los representantes y Rafael Reyes regresó a los Estados Unidos.