Por sus grandes dotes y conocimientos políticos fue designado en diferentes posiciones de la Administración del Distrito, en el Consejo Municipal, diputado a la Cámara de Representantes en Bogotá, y otros cargos adicionales a sus funciones como médico.

Adicional, Amador Guerrero desempeñaba cargo en la Administración como consejero municipal y diputado a la Asamblea Legislativa del Estado Soberano de Panamá, por esta provincia y prefecto de la misma.

Participó activamente en la política colombiana y se inscribió en el Partido Conservador, llegó a ocupar altos cargos dentro de este colectivo.

Al año siguiente fue elegido presidente del Estado, pero una revuelta armada le impidió ejercer el cargo.

Durante los últimos 30 años del siglo XIX le correspondió a Manuel Amador Guerrero reorganizar el Hospital Santo Tomás, vieja institución de caridad que databa de la época de la colonia, que por la pobreza crónica del país no podía realizar con la debida amplitud la misión humanitaria a que estaba llamada.

Los trabajos fueron suspendidos casi totalmente, y en el istmo comenzó a sentirse de nuevo terrible postracción económica.

Para esa comisión fue designado Amador Guerrero, en unión del ingeniero panameño Pedro J. Sosa, autor junto a Wyse y Reclus del trazado de la ruta escogida para el Canal; el obispo de la diócesis, José Alejandro Peralta; y Ricardo Arango, más tarde gobernador del departamento.

El congreso colombiano rechazó el convenio y Panamá se vio una vez más frente a su posible ruina.

También se adelantó la negociación con la United Fruit Company para establecer comunicación telegráfica inalámbrica entre Colón y Bocas del Toro en Panamá y Puerto Limón en Costa Rica, según Ley 16 del 6 de Abril de 1904.

Se abogaba por la descentralización de la instrucción pública y señalaba que era necesario crear rentas especiales en apoyo de la educación; la escuela primaria se dividió en urbana y rural.

La Ley facultó la creación de las Escuelas Normales con principios aplicables a la industria, agricultura y comercio.

Además, bajo su mandato se mejoró el Asilo Bolívar para ancianos y valetudinarios indigentes.

En esa época se concedieron becas a jóvenes panameños para cursar estudios en Europa y Estados Unidos.

Para garantizar que el servicio público fuese eficaz y oportuno, se consideró que la instrucción pública funcionara como un solo despacho, y se agregaron a la secretaría de Gobierno aquellos asuntos relacionados con el Poder Judicial.

Finalmente se llegó a la conclusión que el tratado no lesionaba la soberanía de Panamá.

Pasaron muchos días, meses, años y la salud de Amador se fue desvaneciendo conforme el tiempo.

Arias contaba con el respaldo de un partido autodenominado Constitucional, compuesto en su mayoría por conservadores y una pequeña minoría liberal.