Hay otras dos naves de capillas a las que faltan las divisiones respectivas.
Posee una Sacristía amplia, alguna vez de dos niveles, único edificio colonial panameño con cúpula.
Desde la Sacristía se podía acceder a otra habitación inferior donde reposaron los archivos de la Catedral.
Tiene 10 ventanas grandes y altas que desde principios del siglo XX se enriquecieron con hermosos vitrales influenciados por l'art decórative.
Desde ahora lleva el título de Catedral Basílica Santa María la Antigua.