Dicho tratado además de su objetivo principal, contenía cláusulas que en la práctica colocaron a Panamá bajo la protección estadounidense para garantizar su separación, y evitar acciones militares de Colombia como respuesta a su secesión.

Los separatistas panameños fueron respaldados por el gobierno del presidente estadounidense Theodore Roosevelt, para el cual la construcción del canal de Panamá era un objetivo geoestratégico.

El 15 de noviembre, Hay envió a Bunau-Varilla un proyecto de tratado basado en el rechazado Tratado Herrán-Hay, algo modificado, para que se amoldara a las condiciones que se habían suscitado en ese momento, y le solicitó que lo devolviera tan pronto como fuera posible.

El Doctor Philippe Bunau-Varilla en su obra “Relaciones entre Panamá y los Estados Unidos” dice: “La cuestión de quién fue el autor del Tratado del Canal de 1903 no se ha logrado dilucidar.

Bunau-Varilla hizo bastantes modificaciones al proyecto y todavía no satisfecho, redactó un nuevo tratado basado en cuatro hechos: Con el Tratado de 1903, los Estados Unidos de América logran asegurarse las ventajas que no pudieron conseguir con el Tratado Herrán-Hay al no ser ratificado por el Senado Colombiano.