Sin embargo, en 1902 persuadió al Senado de Estados Unidos para que construyera el Canal en el istmo de Panamá, mostrando a los senadores unos sellos nicaragüenses en los que aparecía el volcán Momotombo en erupción.

En miras de obtener ganancias con el canal sobre Panamá, Bunau-Varilla comenzó a idear planes con los líderes panameños en 1903 para conseguir la independencia del futuro nuevo estado.

Secretamente Bunau-Varilla estaba preparando una constitución, una bandera, y un tratado del canal para la nueva nación; sin embargo no se cristalizaron todas sus ideas, debido a la oposición de los nuevos gobernantes panameños, excepto una: el tratado del canal.

Bunau-Varilla iba a estar muy involucrado económicamente en la construcción del canal hasta su inauguración en 1914, cuando regresa a Francia y sirve como oficial del ejército en la Primera Guerra Mundial, y perdería una pierna en la Batalla de Verdún.

El entonces presidente de Estados Unidos, Grover Cleveland, un antiimperialista, eludió la cuestión del canal.

Recientemente se ha descubierto de donde obtuvo el dinero para una existencia tan magnífica.