Durante gran parte del siglo XIX, Panamá intentó tener autonomía gubernativa dentro de la antigua Gran Colombia y la actual Colombia (que durante el siglo XIX tuvo las siguientes denominaciones: República de la Nueva Granada, Confederación Granadina, Estados Unidos de Colombia, República de Colombia).

Fue precisamente este hecho lo que propició que en 1855 el gobierno granadino, accediera a la creación del Estado Federal de Panamá (luego denominado Soberano) que perduró hasta 1886, cuando el gobierno colombiano después de una sangrienta guerra en 1885, sancionó una nueva constitución en la cual convirtió los estados en departamentos.

Estos límites eran semejantes a los que poseía el Estado Soberano.

En 1900 se sentenció el Fallo Loubet, arbitrado en Francia, con el fin de dirimir la disputa fronteriza entre Costa Rica y Colombia (Departamento de Panamá), estableciendo una línea que partía de punta Mona, incluía el valle del río Sixaola, seguía por una línea imaginaria entre el río Chiriquí Viejo y los ríos tributarios del golfo Dulce hasta punta Burica.

[5]​ No obstante, no fue aceptado parcialmente por las partes y la frontera quedó en una condición de statu quo que heredó posteriormente la República de Panamá.