Reyes se vio obligado a renunciar por varios problemas sociales y presionado por sus opositores.
Poco tiempo después, Rafael quedó huérfano de padre, y su familia se trasladó a Duitama.
En 1885 Reyes contaba con 35 años y arruinado en su empresa, se hizo militar de ocasión peleando la guerra civil de 1885, la cual por su valentía y astucia militar rápidamente lo ascendieron a general.
[12] En plena guerra el presidente Rafael Núñez lo llamó a liderar las operaciones para reincorporar nuevamente a Panamá al territorio de Colombia; la misión oficialmente estaba al mando el general de división Miguel Montoya, pero en la práctica mandaba Reyes.
Se organizó, entonces, una expedición marítima desde Buenaventura hasta Panamá, y ante la falta de los barcos,Rafael Reyes rescató del óxido un pontón abandonado para poder transportar la tropa, por lo que se conoce como "la aventura del pontón".
Mientras tanto, el presidente Rafael Nuñez daba al Estado una organización firme y centralista.
En 1892, Reyes fue postulado a la vicepresidencia de la república como fórmula del candidato a la presidencia por el conservatismo Marceliano Vélez Barreneche, siendo derrotado por José Joaquín Ortiz; sin embargo, la dupla Vélez-Ortiz fue vencida por la dupla nacionalista de Núñez y su fórmula Miguel Antonio Caro.
Caro aprovechó el prestigio cosechado por Reyes en la guerra civil para mejorar la imagen de su gobierno.
En 1901, el presidente José Manuel Marroquín lo nombró delegado en la Conferencia Internacional Americana, celebrada en México[11], quedándose Reyes a vivir allí.
Lo acompañaban tres generales, Pedro Nel Ospina, Lucas Caballero, y Jorge Holguín.
[16] Desde 1902 Reyes, que residía en México, empezó a preparar su candidatura presidencial para 1904.
Llegadas las elecciones, el 2 de febrero de 1904, Reyes y su fórmula vicepresidencial, Ramón González Valencia, se enfrentaron al disidente conservador Joaquín Fernando Vélez, a quien derrotaría por estrecho margen.
Los liberales no presentaron candidato al haber sido derrotados en la Guerra de los Mil Días.
En 1904, se tomaron medidas contra los conservadores que consideraban que Reyes había traicionado sus intereses, además los liberales librecambistas, irritados por los impuestos al tabaco a los grandes terratenientes, se unieron a los conservadores contra Reyes.
Los magistrados Carmelo Arango y Gabriel Rosas fueron declarados insubsistentes por estar en connivencia con los jefes de la oposición.
El 21 de diciembre, cinco mil personas, entre liberales y conservadores, marchó en respaldo a Reyes.
En el sitio que denominaban Barro Colorado, el coche del Presidente fue atacado por tres jinetes, que dispararon con la intención de asesinar al mandatario y a su hija, quienes salieron ilesos.
[34] Hubo voces que pidieron igual patíbulo para los autores intelectuales pero Reyes se negó.
Se ofreció una recompensa de cien mil pesos por informes que permitieran la captura de los fugitivos Roberto González, Marco Arturo Salgar y Fernando Aguilar, y doscientos mil pesos por Pedro León Acosta.En 1909, Reyes enfrentó una crisis de opinión por la firma del arreglo entre Panamá, Estados Unidos y Colombia.
Este tratado fue visto como amenaza nacional y se argumentó que el ministro Enrique Cortés no tenía facultades legítimas para hacerlo.
Reyes trató de que fuera aprobado sin ninguna modificación por la Asamblea en sesiones extraordinarias, pero experimentó una fuerte oposición encabezada por Nicolás Esguerra.
El 13 de marzo, se presentaron manifestaciones, que apedrearon la casa arzobispal, las oficinas del periódico Nuevo Tiempo[41] y otros edificios públicos.
Se declaró en interinidad a los empleados públicos, irreeligibles a los que hubiesen tomado parte en los motines del 12 y 13 de marzo, y el 15 dio parte de que el movimiento subversivo había sido militarmente dominado.
Ambrosio Reyes murió cuando el hijo mayor de su segundo matrimonio, Enrique, tenía cinco años.
Así mismo era hermana del político Diego Euclides de Angulo, que fue ministro en varias ocasiones para su yerno durante su gobierno.
Con Sofía, Reyes tuvo a sus 6 hijosː Rafael, Enrique (se casó con Clara, la hija de José María "Pepe" Sierra), Amalia, Nina, Sofía y Pedro Ignacio Reyes Angulo y Lemos.
En 1898, Reyes enviudó, pero decidió mantenerse soltero hasta su muerte, por respeto a sus hijas.