En 1912 es creada la Comisaría del Putumayo que adquiere vida propia como entidad territorial al año siguiente.

En 1968 recupera su antigua denominación de intendencia y permanece así hasta 1991, cuando es elevado constitucionalmente a departamento.

Otra problemática ha sido el conflicto entre las misiones capuchinas en el valle de Sibundoy, los colonos y los indígenas que heredaron las tierras del cacique Carlos Tamabioy.

[7]​ El relieve montañoso que ocupa la faja occidental presenta alturas hasta los 3800 metros sobre el nivel del mar, compartidas con los vecinos departamentos de Nariño y Cauca.

Entre los principales ríos podemos destacar:[11]​ Aparte de estos, también bañan sus tierras los ríos Mecaya, Yurilla, Caucayá, Sencella, Sabilla, Orito, Mulato, Rumiyaco, Mocoa, Piñuña Blanco, Piñuña Negro, Quebrada El Afilador, y numerosas corrientes menores.

La llanura se caracteriza por las altas temperaturas superiores a los 27 °C, con una precipitación promedio anual de 3900 mm.

Al pertenecer a la región amazónica colombiana es un departamento rico en biodiversidad y un objetivo preferido para el ecoturismo.

[3]​[14]​ El Departamento del Putumayo cuenta con una población conformada por tres bases étnicas: mestizos, indígenas y afrodescendientes.

La agricultura es una de las actividades más importantes para los habitantes del departamento, quienes cultivan principalmente maíz, papa, plátano, yuca, caña panelera, chontaduro y piña.

Así mismo se encuentran cultivos de arroz, ñame, ajonjolí, hortalizas y fríjol.

[12]​[12]​ Ya más al oriente hay una carretera que enlaza a los ríos Caquetá y Putumayo entre La Tagua hasta el casco urbano de Puerto Leguízamo.