Según el censo de 2018, la población del Putumayo está compuesta en un 78% por mestizos y blancos, un 18,3% por indígenas y un 3,7% por afrodescendientes.
También se encuentran comunidades awás, coreguajes, emberas, nasas y pastos, procedentes de los departamentos vecinos.
A finales del siglo XIX y a lo largo de todo el siglo XX, un gran número de colonos procedentes de distintas regiones del país se asentó en el departamento.
[2] Un estudio del Ulster Institute for Social Research concluye que la composición genética de los habitantes del Putumayo es 51% amerindia, 38% europea y 11% africana.
[3] La siguiente tabla muestra la distribución étnica del Putumayo por municipio según el censo de 2005:[4] En el censo de 2018 la composición étnica por municipio era la siguiente:[1]