Debido su posición geográfica el municipio cuenta con ventajas comparativas respecto a los demás municipios del departamento, siendo concebido debido a su potencial limítrofe que permite un gran crecimiento en el área del intercambio comercial, la prestación de servicios y el intercambio cultural con el Ecuador.

San Miguel tiene bajo su jurisdicción los siguientes Centros poblados: La actividad económica principal del municipio es la extracción de petróleo.

También tiene un papel destacado la agricultura, los principales productos son: Cacao, Pimienta, Plátano, yuca, maíz, arroz; cabe destacar que la actividad maderera a constituido un aporte significativo en los últimos años para el municipio y el departamento, debido a que existen varias empresas de maderas legalmente constituidas en el Corregimiento de Puerto Colon "San Miguel" la cual se ha convertido en el sostén de muchas familias sanmiguelenses.

La actividad ganadera, constituye un importante renglón para esta región, este sector se ha venido fortaleciendo con las charlas que se han dictado a cargo de los diferentes entes institucionales y descentralizados correspondientes, sobre la erradicación de la Fiebre Aftosa en el territorio nacional, para mantener el estatus sanitario (libre con vacunación).

En segundo plano se encuentra el medio de transporte fluvial, el cual se hace por el río San Miguel, su puerto más importante es Puerto Colon "San Miguel" población acentuada sobre este mismo, y de importante actividad económica, para el municipio.