En 1872, cuando el general Gabriel Neira reemplazó a Correoso como presidente, tuvo una administración amenazada por Aizpuru, quien en ese entonces era cuarto designado y comandante de las tropas del Estado.

Durante su administración, Correoso se desempeñó en la Comandancia General del Ejército para organizar las milicias departamentales como un pacto fraterno.

Sin embargo, fue secuestrado en una rebelión encabezada por Aizpuru y fue removido de su cargo por Benjamín Ruiz.

Durante la crisis, se nombró a Gerardo Ortega para liderar un contraataque hacia Aizpuru.

En este periodo, Aizpuru era representante en la Asamblea del Estado Soberano y propuso que se le declarara a Lucien Bonaparte Wyse como “plecaro ciudadano” y ordenara colocarle un retrato suyo en el Palacio de Gobierno.

[4]​ Sin embargo, no fue hasta el 29 de abril cuando se rindió ante los estadounidenses y finalizó la crisis que sucedía ese año.

Con el rechazo del tratado, Aizpuru decidió formar parte del movimiento separatista del 3 de noviembre de 1903 y asistió a la sesión que se realizó ese día y sugirió que se convocara al pueblo a un cabildo abierto al día siguiente para declarar la separación en el Acta de Independencia que cuenta con su firma.

Por su participación, fue distinguido con el cargo de inspector general del Ejército Nacional.