Al final los estados de Santander del Tolima y Cauca se alzaron en armas contra el gobierno federal desatando así una guerra civil que se extendió por toda Colombia.

[3]​ En el Estado Soberano de Panamá el entonces presidente del estado el general Ramón Santodomingo Vila ordenó el reclutamiento y envió tropas hacia la costa atlántica, Santodomingo incluso partió á la defensa de Cartagena, plaza amenazada por las fuerzas del General Gaitán,[4]​Santodomingo antes de partir dejó como encargado de Panamá á Pablo Arosemena.

El General Carlos A. Gónima conoció la situación de Prestán en Colón, despachó en la noche del mismo 30 de Marzo en tren expreso una fuerza de 160 hombres al mando del Coronel Ramón Ulloa y del Comandante Santiago Brun, tiempo después las en la mañana del 31 de marzo las fuerzas del gobierno atacan Colón, los revolucionarios liberales hicieron una desesperada pero inútil resistencia que duro ocho horas que duró el combate.

Aprovechando Rafael Aizpuru el estado indefenso en que había quedado la capital después del envío de úna parte de las fuerzas sobre Colón, Aizpuru y sus hombres se adueñaron en la estación del ferrocarril de un armamento destinado á Centro América.

[4]​ El 29 de abril Aizpuru se rindió ante los cuando se rindió ante los estadounidenses que imposibilito la defensa de Panamá ante la expedición del gobierno colombiano, la expedición fue comandada por Miguel Montoya y Rafael Reyes restableciendo el orden en Panamá, posteriormente Pedro Prestán fue declarado culpable del incendio en Colón y ejecutando el 18 de agosto de 1885.