Fue el primer estado en formarse dentro de la unión colombiana, debido a los deseos autonomistas de diferentes regiones (particularmente por las provincias del Istmo), quienes exigían un estatuto de autonomía.

Estos límites eran semejantes a los que posee la República de Panamá en la actualidad.

Los límites particulares eran:[8]​ En la actualidad, el territorio que antes correspondía al Estado Soberano de Panamá, pertenece en su mayoría a la República de Panamá, separado de Colombia desde 1903, y además el extremo sur de Costa Rica (Talamanca y extremo oriental de Puntarenas).

El Estado en un principio quedó dividido en las mismas provincias que lo crearon en 1855:[9]​ El 9 de marzo del mismo año la provincia de Azuero fue suprimida y su territorio repartido entre las de Panamá y Chiriquí.

[14]​ Más tarde, durante la administración de José Leonardo Calancha (1864), se redujo el número de departamentos a 6:[7]​ Dentro del territorio del estado existían 4 comarcas, de administración especial:[2]​