Durante su gobierno se firmó el tratado Herrán-Hay, donde Colombia le cedía los derechos del Istmo de Panamá a los estadounidenses.

Sus padres murieron cuando aún era un niño, por lo que su educación quedó a cargo de sus tías.

A pesar de ello, el patrimonio familiar le permitió educarse con calidad.

En este periódico llegó a dar empleo al escritor Jorge Isaacs por breve tiempo.

Colaboró en varias publicaciones periódicas; escribió obras didácticas, calificadas como "trabajo perfecto" por el académico español Juan Eugenio Hartzenbusch.

Pese al apoyo del presidente de turno, Marroquín no había tenido ninguna experiencia política previa.

[6]​ Sin embargo, cuando Sanclemente recuperó el poder, se mostró en contra de las medidas adoptadas por su vicepresidente, lo cual derribaría en una conspiración que lo sacaría del poder dos años después.

[12]​ La rebelión tomó por sorpresa a Caro, quien no previó que Marroquín fuera capaz de tal acto.

[14]​Ése hecho derivó en la denominación popular de Colombia como el "País del sagrado corazón".

[16]​ Marroquín recibió un estado en plena guerra civil, y la mayor parte de su período las finanzas estatales giraron en torno a la financiación del conflicto.

La inflación rebasó los niveles normales del mercado y la economía nacional terminó arruinada por el largo conflicto.

Esos niveles inflacionarios terminaron por alejar a los inversionistas extranjeros del país,[17]​ sumado a que se ordenó de forma descontrolada la emisión de papel moneda para intentar frenar el déficit fiscal.

Sus medidas arancelarias no mejorar el problema, ya que de manera negligente Marroquín grabó más las exportaciones.

El gobierno de Marroquín apoyó el tratado pero el senado colombiano, controlado e influenciado por Miguel Antonio Caro,[12]​ lo rechazó, lo que desató la furia del presidente Theodore Roosevelt, el cual decidió apoyar a Panamá en sus intenciones separatistas.

Pese a esta vergüenza nacional, los liberales decidieron reconciliarse con el gobierno conservador para unir fuerzas y juntos intentar recuperar el control de la zona, pero nunca se dio la anhelada unión.

El fracaso del gobierno, sin embargo, derivó en tres intentos infructuosos por recuperar la zonaː Primero, Marroquín protestó ante la comunidad internacional por la intervención estadounidense en Panamá, pero la comunidad internacional estaba más interesada en los beneficios del canal interoceánico que en la violación de la soberanía colombiana; segundo, envió a Rafael Reyes a la zona con un ejército dispuesto a recuperar la zona por la fuerza, pero los estadounidenses enviaron el barco SS Mayflower (PY-1); y tercero, el Congreso ofreció a Estados Unidos la ratificación del Tratado Herrán-Hay, pero el gobierno estadounidense se mostró inflexible con los agentes diplomáticos de Reyes, y concluyeron que Marroquín esperaba una indemnización más alta de la que se había pactado en el tratado.

A su vez, Trinidad era hija del abogado de la Real Audiencia, José Antonio Ricaurte.