Derrotado políticamente, Nariño recibió cargos nominales dentre del gobierno y siguió publicando su periódico «Los Toros de Fucha».

[10]​ Por un tiempo fue becario real en el Colegio Mayor y Seminario de San Bartolomé.

El matrimonio tuvo seis hijos: Gregorio, nacido en 1786, Francisco, en 1787, Antonio, en 1791, Vicente, en 1793, Mercedes, en 1798, e Isabel, en 1801.

En su juventud, Nariño ejerció una fuerte influencia entre los jóvenes progresistas de Bogotá, organizando reuniones políticas secretas que él llamaba «El Santuario», en las que se discutía la necesidad de la independencia y los medios para lograrla.

[16]​ Mientras el Virrey Ezpeleta se paseaba por Guaduas, Nariño estaba traduciendo y publicando, en su imprenta , parte relativa de la «Declaración de los Derechos del Hombre», impreso que circuló con cierta discreción entre sus amigos con ideas políticas afines.

Los comisionados fueron los oidores Joaquín Mosquera, Hernando de Alva y Joaquín Inclán, quienes decidieron que los conspiradores debían ser enviados a prisión, estos serían Antonio Nariño junto a Ignacio Sandino, José de Ayala y Vergara, Luis de Rieux, Manuel Froes, Pedro Pradilla, Francisco Antonio Zea, Sinforoso Mutis, José María Cabal, entre otros.

Esta información hacía relación a la conspiración que él, con varios socorranos y antiguos miembros de la insurrección comunera, ocultos en la Provincia de Casanare, habían supuestamente coordinado, y cuyo objetivo era derrocar el régimen virreinal.

Al enterarse de dichos rumores, el virrey Amar y Borbón decidió aplastar la rebelión antes de que comenzara, y Nariño fue apresado arrestado una vez más cuando comenzaron a estallar insurrecciones en todas las colonias americanas.

Nariño regresó a Santafé justo a tiempo para participar en la organización del Congreso de las Provincias de la Nueva Granada, que se instaló el día 22 del mismo mes, siendo designado secretario.

En vista del fracaso en las tentativas para armar un gobierno general, Cundinamarca se propuso establecer el suyo particular.

Al mes siguiente se declaraba la creación del Estado Libre e Independiente de Cundinamarca, con Lozano como presidente.

Siendo un ferviente y declarado centralista, pasó a hacer oposición al nuevo gobierno y comenzó a presionar por una fuerte posición centralista desde el periódico que creó, La Bagatela, cuyo primer número circuló el 14 de julio de 1811.

La ley otorgaba enorme autonomía a cada provincia y un presidente extremadamente débil que estaría subordinado al congreso.

Esto solo hizo que las diferencias entre las ideas centralistas y federalistas fueran aún más fuertes.

Las provincias no vieron con buenos ojos el espíritu de preponderancia que desde un comienzo acusó la antigua capital virreinal cuya junta se autodesignó «suprema».

Así se iniciaría el período de la historia del recién fundado país que luego sería llamado «la Patria Boba».

Nariño aprovechó la oportunidad para solicitar poderes extraordinarios a la legislatura de Cundinamarca, lo que le permitió ser nombrado dictador.

Sin embargo, las tropas federalistas solo comenzaron a perseguirlos más de una semana después.

[31]​ Tras el fin de la guerra civil, Nariño propuso a los federalistas que se unieran para así evitar la reconquista española.

Nariño había dejado unos 500 hombres en la retaguardia como posibles refuerzos; en Pasto el ejército se divide en tres para contrarrestar el ataque enemigo y casi con la victoria segura Nariño y dos de las partes del ejército se atrincheran para descansar.

Seguidamente toda la retaguardia y los soldados que habían llegado de pasto se retiraron.

Enemigo noble, Aymerich recibió a Nariño por prisionero pero dispuso que se le diera tratamiento correspondiente a sus elevados empleo y rango; y, para abundar en deferencias, denegó la solicitud del prisionero sobre ser enviado a Quito en la certeza de que el presidente Toribio Montes no le guardaría las mismas consideraciones y le haría fusilar sin vacilación.

Se limitó a autorizarle que se dirigiera a él por escrito mientras que por su parte al día siguiente Aymerich ofició al general patriota José Ramón de Leyva en Popayán para notificarle la prisión del presidente de Cundinamarca.

El presidente encargado Manuel de Bernardo Álvarez pasó la propuesta al congreso para su consideración y este respondió favorablemente a la iniciativa que, sin embargo, no encontró acogida entre los realistas.

Al parecer hubo algunos intentos inútiles de patriotas granadinos para liberarlo a la fuerza en el trayecto.

En 1814 no solamente fue hallado el tan anhelado plomo, sino «una gran mina de hierro, y aparente para acero» según consta en documentos públicos.

[40]​ Mediante una documentada exposición de argumentos contestó las tres acusaciones en su contra, las cuales fueron: El día 20 del mismo mes Nariño resultó absuelto.

Frecuentes colaboradores del mismo periódico fueron Pedro Fermín de Vargas y Francisco Antonio Zea.

Una aparente queja allí contenida sobre mordazas a la libre expresión llevó al Santander a pedirle explicaciones, de manera más bien conminatoria, según lo narró la segunda entrega del papel, el 7 de abril.

[58]​ El diseño estuvo a cargo de los arquitectos Gastón Lelarge y Julián Lombana.