Sin embargo, inició su funcionamiento el 4 de julio del mismo año, cuando se declaró oficialmente creado.

Propiciando los ideales independentistas, el Museo Nacional inició su historia con una colección enfocada en la riqueza natural del país.

Con el tiempo, a estas piezas se sumaron otras de carácter arqueológico, histórico y artístico.

[14]​ Para 1886, la división se mantuvo, aunque la tercera parte empezó a agrupar pinturas y objetos de las artes nacionales.

[15]​ Durante el siglo XX, el Museo Nacional siguió ampliando sus colecciones a partir de donaciones, adquisiciones y remisiones.

[16]​ Actualmente, el Museo Nacional clasifica la colección en cuatro grupos, según el sentido atribuido a cada pieza dentro de la institución: Arqueología, Etnografía, Arte e Historia.

Las excavaciones e investigaciones arqueológicas realizadas a comienzos del siglo XX, tales como las llevadas a cabo por Konrad Theodor Preuss en San Agustín (1913-1914), Alden Mason en Pueblito y otras zonas tairona de la Sierra Nevada de Santa Marta (1922-1923),[20]​ así como las comisiones de Carlos Cuervo y Gerardo Arrubla en Sogamoso (1924), expandieron tanto la colección del Museo Nacional como el sentido atribuido a los objetos que la integraban.

A mediados del siglo XIX, Manuel Ancízar estaba interesado en que el Museo Nacional, además de histórico, fuera etnológico.

Así la colección integraría cráneos, momias, armas y objetos que aludieran a otras culturas.

[35]​ Desde su fundación el Museo Nacional ha contado con una colección de arte, siendo la pintura la gran protagonista desde sus etapas iniciales.

Para 1881, el acervo de pintura ya contaba con 77 piezas, este número iría en aumento principalmente durante la primera mitad del siglo XX gracias a la integración de obras legadas por diversos artistas y coleccionistas locales.

[37]​ En 2004, el Museo Nacional coedita junto a Editorial Planeta el inventario exhaustivo “Colección de pintura.

El Museo Nacional cuenta con una colección de dibujos que incluye piezas artísticas y científicas elaboradas empleando diversas técnicas.

Estos elementos están repartidos en todo el Museo, siendo la única colección cuya presencia se extiende hasta los jardines interiores.

[46]​ Debido al avance del Plan de Renovación, dos espacios ubicados en la tercera planta se encuentran clausuradas temporalmente mientras son acondicionadas para albergar las piezas que compondrán las dos salas que culminarán el proceso de renovación curatorial iniciado en el 2011.

El relato curatorial de esta sala propone una división con la que se puede reconocer el desarrollo y consolidación del Museo Nacional.

Esta sala alberga 186 piezas pertenecientes a distintas zonas arqueológicas del territorio nacional.

La segunda sección se emplea como una sala múltiple albergando exposiciones temporales o actividades de la programación pública.

Esta sala nos presenta diferentes objetos hechos de metales preciosos como oro y plata, así como los usos que se les daba durante el Periodo Colonial, la Independencia y el siglo XX en Colombia.

[56]​ Esta sala pretende también, dar cuenta de las formas múltiples en que los diferentes grupos humanos se relacionan y modifican su territorio.

Los objetos que hacen parte del relato curatorial muestran como los avances tecnológicos permitieron modificar las condiciones particulares de las tierras habitadas.

[58]​ Adicionalmente, esta sala ha albergado productos de proyectos colaborativos como La Esquina Redonda: memoria, creación y cuidado en el Bronx Distrito Creativo, una exposición resultado del co-laboratorio de Creación y Memoria integrado por habitantes del antiguo Bronx que presentaba alrededor de 150 objetos del sector y una maqueta creada colectivamente que posteriormente fue adquirida por el Museo.

[59]​ Esta sala se desglosa a partir de la Nueva Constitución del 1991 los conflictos y consensos qua ha atravesado la sociedad colombiana.

[61]​ Esta sala pretende también reconocer las distintas voces que han participado de los hitos históricos del país.

Esta sala contiene obras de gran formato que siguen un relato curatorial basado en la espiritualidad.

[70]​ En ese sentido, las actividades educativas y culturales que ofrece el Museo Nacional son: Los diálogos son recorridos que se estructuran a partir de diferentes objetos de las cuatro colecciones del museo y, a través de preguntas, interacciones e historias, buscan generar una conversación con los participantes que conlleve a otras lecturas, acercamientos y apropiación del patrimonio.

La curaduría de la exposición estuvo a cargo de un equipo conformado por ocho integrantes: Olga Isabel Acosta Luna, Yobenj Chicangana Bayona, Cristina Lleras Figueroa, Antonio Ochoa Flórez, Amada Carolina Pérez Benavides, Juan Ricardo Rey Márquez, Carolina Venegas Carrasco y Maite Yie Garzón.

[77]​ La recepción de la exposición fue en extremo variada, confrontando a periodistas y críticos que celebraban esta revisión y a quienes calificaron la muestra como una mofa, un relato diluido del proceso independentista, o una representación vulgar del mismo.

Esta tensión se manifestó principalmente en medios de comunicación impresos, radiofónicos y digitales.

Integrantes del equipo de curaduría participaron activamente publicando columnas,[83]​ artículos académicos y ofreciendo entrevistas a medios locales, como la revista Semana.