Fue miembro del Partido Conservador Colombiano por el cual ocupó varios cargos públicos y diplomáticos.Creó la Policía Nacional de Colombia, pues hasta ese momento en la reública había solo policías y serenazgos regionales o municipales y ningún cuerpo dependiente directamente del presidente de la república.[4] De allí Holguín ingresó al Colegio Mayor del Rosario (actual Universidad del Rosario) donde se graduó en Derecho y Ciencias Políticas en 1851, a sus 19 años, según su biógrafo e hijo Álvaro Holguín.Su estadía en Bogotá coincidió con la presidencia de su tío Manuel, con lo cual se vio influenciado en su experiencia política.De igual forma, inició su carrera militar al levantarse en armas contra el dictador liberal y populista José María Melo, sirviendo en la compañía del sur a la coalición de liberales gólgotas y conservadores; también fue secretario del coronel Manuel Tejada.En la guerra civil colombiana de 1860-1862, Holguín participó defendiendo a la Confederación Granadina del presidente conservador Mariano Ospina Rodríguez.[5] A mediados de los años 1870, Holguín fue el director del Partido Conservador, junto con Alejandro Posada y Lázaro María Pérez.[cita requerida] En la primera presidencia de Núñez, Holguín fue nombrado ministro plenipotenciario en Inglaterra y en España fue el primer colombiano en tener la dignidad que ostentó.A su regreso al país en 1887, fue nombrado ministro de relaciones exteriores por Núñez, permaneciendo en el cargo hasta 1888.[cita requerida] Bajo su gobierno se desarrolló la industria y aumentaron las exportaciones de Colombia.Sin embargo el país sufrió una inflación alta dado que se estaba emitiendo papel moneda de manera clandestina.Pese a que Miguel Antonio Caro era su cuñado, Holguín entró en controversia con él por las elecciones presidencial de 1892, ya que en 1891 su hermano Jorge lanzó a Caro como fórmula vicepresidencial del expresidente Núñez.En efecto Caro se presentó con Núñez a las elecciones de 1892, con la negativa del presidente, ya que temía que acusaran a su gobierno de fomentar el nepotismo (porque Caro era su cuñado y quien lo propuso era su hermano).[6] Caro, a la postre, terminó enfrentado con Jorge, con Martínez, y con Carlos, por sus posturas extremistas.Holguín entregó el cargo a Núñez-Caro, en 1892, quienes vencieron con una gran mayoría a Vélez, quien se presentó como conservador disidente del Partido Nacional, luego de haber caído en desgracia con Nuñez y los nacionalistas en 1891.Caro gobernó en nombre de Núñez, quien pidió licencia por enfermedad, y se radicó en su natal Cartagena.Su padre dejó numerosa e influyente descendencia con dos matrimonios, con lo cual su descendencia es de las más numerosas y prestigiosas en Colombia[13]ː Susana, Dolores I, Ana Julia, Mercedes, Ernesto, Ignacio, Vicente, Eduardo, Dolores II, Enrique, Jorge y Carmen Holguín Mallarino de su primer matrimonio con Pepa Mallarino, y a Mercedes, Eusebia, Juan y Lucía Holguín López, con Ana López Boliche, medio hermana del expresidente José Hilario López Su hermana mayor Ana Julia se casó con Lisímaco Ferrer, hermano del escritor Jorge Isaacs; Dolores II hizo lo propio con su primo Víctor Mallarino Cabal; Enrique se unió a María Jesús Lloreda, de otra familia de la región, de quien desciende, por ejemplo, Carlos Holguín Sardi y Germán Holguín Zamorano.[18] Su tía Teresa Holguín hizo lo propio con José María Scarpetta, primo suyo ya que los Holguín eran nietos maternos de Juana María Scarpetta Ibargüen, casada con el florentino Giussepe Maria Magliarino, funcionario del virrey Amar y Borbón, de donde viene la familia Mallarino.
