Mariano Ospina se enfrentó entonces a Tomás Cipriano de Mosquera, pero fue derrotado.

Abandonó el cargo en medio de un intenso conflicto que lo obligó a exiliarse en Centroamérica, donde se formaron sus hijos, y a donde se haría rico con la producción del café.

Fue criado por su padre y tías debido a que su madre falleció prematuramente durante la primera infancia de Ospina.

Después del fracaso del atentado contra Bolívar (quien fue salvado por su amante Manuela Sáenz lanzándose por la ventana), Ospina se ocultó en los páramos de Guasca y se desplazó posteriormente a Antioquia con la ayuda de Anselmo Pineda, quien para ese entonces estaba apoyando el levantamiento contra Simón Bolívar que acaudillaba José María Córdova y en el que participaban muchos representativos antioqueños de la época como: Salvador Córdova, Manuel Antonio Jaramillo, Braulio Henao, Francisco Escalante, José Manuel Montolla.

Más tarde Tadeo y Vezga serían fusilados en Medellín y tiempo después Córdova en el cantón de Cartago en la Provincia del Cauca a manos del oficial Tomás Cipriano de Mosquera.

Al finalizar el gobierno de Márquez en 1841, el Congreso eligió presidente del país al militar Pedro Alcántara Herrán, quien había ejercido como jefe de las fuerzas armadas hasta entonces.

Aranzazu nombró a Ospina como Secretario de Relaciones Exteriores al momento que este estaba por posicionarse en el Congreso Nacional.

Ospina apoyó la candidatura del liberal José Hilario López, y de acuerdo con los historiadores, en medio de un escandaloso incidente en el Congreso, ya que se cuenta que amenazó de muerte a los congresistas si se negaban a proclamar a López como presidente.

Por medio de ésta organización, Ospina y Caro buscaban la protección de las tradiciones sociales y religiosas (especialmente enfocadas en el catolicismo), y el establecimiento de un estado proteccionista en lo económico e intervencionista en lo comercial, en abierta oposición con el sistema liberal.

Cuando Ospina asumió el mando, la Nueva Granada se encontraba en una situación constitucional anómala, puesto que una parte del territorio estaba regida por un sistema centralista, y la otra por un sistema federal.

Los Ospina fueron condenados a muerte, pero por la intervención del general Santos Gutiérrez, la pena les fue cambiada por la prisión en las bóvedas de Bocachica en Cartagena.

[11]​ Como empresario gozó de importante éxito en ese país, y fue clave para la expansión del café en Guatemala, siendo dueño de la finca cafetera Las Mercedes, en Costa Cuca.

En 1878 Ospina y sus hijos fueron los accionistas mayoritarios del recién fundado Banco de Colombia (que tenía sede en Guatemala), con ayuda del presidente guatemalteco Rufino Barrios, hecho que muestra que pese a que Los Colombianos eran conservadores y salieron de ese país con el triunfo de los liberales, las relaciones con el país centroamericano no se vieron afectadas en lo más mínimo.

Fueron sus hermanos Manuel Inocencio, Sor Soledad y Pastor Ospina Rodríguez.

Este último fue un destacado político e intelectual, quien acompañó a Mariano en su exilio en Guatemala.

De sus numerosos hijos destacan los empresarios Tulio y Pedro Nel Ospina Vásquez.

Con su segunda esposa Mariano engendró a María Josefa, Carlota, Santiago, Manuela Antonio y Mercedes Ospina Barrientos.

Su tercera esposa fue la hacendada María Enriqueta Vásquez Jaramillo, ya que quedó viudo por segunda vez.

Así mismo fue un exitoso empresario, promotor del café y la cultura ganadera.