Participó en una expedición para rescatar a Caycedo, pero este esfuerzo se frustró en la Batalla de Catambuco, lo que resultó en la casi destrucción del ejército patriota.

Con Nariño prisionero, Cabal asumió el mando de las fuerzas restantes y hábilmente organizó un repliegue a Popayán.

Temiendo una contraofensiva realista, ordenó a las tropas patriotas que se retiraran al Valle del Cauca.

Bajo su liderazgo, el ejército patriota infligió una impresionante derrota al ejército realista en la Batalla del río Palo en julio de 1815, después de atraer a los realistas a sus posiciones fortificadas en la orilla norte del río.

En 1816, las Provincias Unidas de la Nueva Granada estaba al borde del colapso, ya que los españoles habían logrado victorias significativas.

Sin embargo, sus oficiales y tropas, anhelando una confrontación decisiva, vieron su sugerencia como demasiado cautelosa.

Ese mismo año, ocurrieron varias revueltas en muchas ciudades en la Nueva Granada, depusieron a las autoridades españolas a cargo de ellas y las reemplazaron por juntas de gobierno, que al comienzo querían más autonomía dentro del Imperio Español.

La confederación también intentó que Popayán se uniera, sin embargo, el gobernador español, Miguel Tacón y Rosique, consideró que esta junta como ilegal y desplegó tropas para derrocar a la junta.

Estas tropas se unieron a las fuerzas vallunas y derrotaron a las tropas realistas en la Batalla del Bajo Palacé el 28 de marzo de 1811, en aquella batalla murió su primo Miguel Cabal quien lideraba la caballería patriota.

Mientras Caycedo seguía con su campaña del sur, varias guerrillas realistas se habían levantado en respuesta de las ofensivas patriotas, increpado en la zona entre Popayán y Pasto.

Los realistas liderados por Antonio Tenorio, y José Joaquín Paz contaban con alrededor de 1.500 tropas.

[10]​Durante el combate, un norteamericano, Alejandro Macaulay, que se encontraba de paso por la ciudad en su viaje de Santafé a Quito, ofreció sus servicios a la junta, los cuales fueron aceptados dada su experiencia como antiguo oficial del ejército estadounidense.

Ante esta respuesta,Cabal se vio obligado a cumplir la sentencia y Morcillo fue ejecutado al día siguiente.

Los realistas cumplieron con lo pactado, pero los patriotas cometerían un grave error, ya que Macaulay no solo no abandonó la ciudad sino hizo nuevas exigencias, esta vez más duras, enviando un ultimátum el 11 de agosto, la cual fue rechazada vehemente por el Cabildo realista de Pasto.

Sin embargo, esta victoria permitió el rescate de 115 patriotas que habían sido capturados y se encontraban presos en la ciudad.

Luego, los dos bandos firmaron un armisticio y acordaron unir fuerzas, ya que Cabal les había informado de la grave amenaza realista en el sur, así como la otra amenaza de una invasión realista en el norte del país desde Venezuela.

Mientras estuvo allí, reclutó tropas, desplegó espías en la cordillera para informar al ejército sobre los movimientos de Samano, y también ordenó a Serviez que creara una nueva unidad de caballería que se integraría al ejército.

Allí permaneció durante los siguientes días mientras intentaba bloquear a Asín, quien marchaba hacia el sur desde Quilichiao, siendo perseguido por las tropas de Rodríguez.

[26]​ El ataque de Cabal sorprendió a Sámano, quien no esperaba ser atacado en ese punto.

Aunque algunos de sus comandantes querían atacar a los patriotas inmediatamente, el comandante español decidió tomar su tiempo para buscar alguna manera de cruzar y atacar el río sin tener que lidiar con las fortificaciones patriotas.

El resto de las tropas patriotas acudieron al sitio y se formaron en buen orden para la batalla.

Al ver esto Cabal ordenó que la caballería patriota atacara por la derecha la cual logró contener el asalto de los realistas y causó pánico entre las tropas del rey.

A las 8:30 de la mañana el ejército español se encontraba en derrota y perseguido por las tropas patriotas.

Ese mismo mes, el coronel Julián Bayer logra tomar la provincia del Chocó y el coronel Francisco Warleta vence a las tropas de la unión en Antioquía, logrando tomar la provincia.

Esas dos fuerzas ahora se dirigían hacia al sur junto con el coronel Carlos Tolrá, que sale de Santafe.

El teniente coronel Andrés Rosas decide convocar un junta de oficiales para estudiar la decisión del general Cabal, la junta lo releva y nombra al teniente coronel Liborio Mejía como su reemplazo.

Luego sus tropas arrestan y torturan al mayordomo de su hacienda quien finalmente entregó a Cabal.

Francisco fue capturado por las fuerzas españolas durante la reconquista en 1816 y transportado a Santafé de Bogotá donde fue ejecutado por orden del general Pablo Morillo.

[42]​ Cómo se había dicho anteriormente José María Cabal contrajo matrimonio civil con la francesa Sofía Leclair en París, este matrimonio produjo un hijo: Augusto María, quien llegó a ser coronel de ingenieros, grado que recibió en París en el Colegio de Nobles.

Pero no llegaría a ocupar el cargo ya que murió en 1848 en la casa del entonces embajador de Francia ante la Nueva Granada.