En 1764 el Virrey Mesía de la Cerda cedió a los franciscanos la calle intermedia entre el convento y la casa que donó al colegio don Pedro Valencia para la construcción de la iglesia.En el templo de los padres franciscanos desde sus etapas más primitivas, fueron fundándose juntas que tuvieron como sede este templo, al mismo tiempo que nuevas devociones llegaban al recinto.Aunque actualmente aun tiene diversas juntas (que son entidades sucesoras de las cofradías) que tienen aun su sede en esta iglesia como lo son: Situado al fondo del presbiterio, es una monumental obra la cual está elaborada siguiendo los lineamientos establecidos en la arquitectura neoclásica con ciertas reminiscencias del barroco tardío, su estructura imita una fachada de un templo.Sustenta todo el retablo sendas columnas de orden corintio con fustes estriados que sustentan el friso y el arquitrabe finamente decorados con motivos vegetales, como remate en lo alto hay una hornacina coronada por un frontón semicircular que contiene una pintura del Sagrado Corazón de Jesús.Durante esta conmemoración se realiza una eucaristía y una procesión que recorre todo el centro histórico que es adornado con cirios y faroles en honor a la Santísima Virgen María.El segundo retablo ubicado en la pared lateral norte de la nave de la Epístola, es una destacada obra barroca payanesa, la cual está conformada por un altar en su parte inferior constituido en un sotabanco seccionado en tres partes, siendo la central más sobresaliente, estando adornado con motivos florares y vegetales dorados sobre un fondo rojo vinotinto con marcos azules.Cuenta con un altar en su parte baja constituido por un sotabanco decorado espléndidamente con detalles de plantas y flores doradas, sobre este se halla un pequeño sagrario flanqueado a ambos lados por dos bases de pilares, estas columnas se conforman por su fuste que es liso y ornamentado con motivos barrocos que llegan hasta el capitel de orden corintio, siendo el remate sustentado por el arquitrabe, frío y la cornisa de tipo escalonada, en el se halla una pequeña hornacina donde actualmente no hay imagen alguna.La imagen que hoy se venera en el nicho principal es la de San Pedro Alcántara, una obra española del maestro Pedro de Mena y Medrano realizada durante el siglo XVII.El primer retablo propiamente lateral en la nave del Evangelio, es una prodigiosa obra barroca payanesa bien lograda, semejante en estructura al dedicado a San Pedro de Alcántara.Consta de un altar compuesto por un sotabanco en cuyo centro hay una lápida de piedra con una cruz tallada, bajo la cual se ponían reliquias para realizar la sagrada eucaristía en la liturgia tridentina que era usada durante la época colonial.Los pares de dos columnas que flanquean al nicho central son de fuste liso con policromía azul y capiteles de orden corintio, todo esto sustenta al arquitrabe, un friso y la cornisa que es coronada por un remate con una hornacina pequeña en el medio que actualmente está vacía.La imagen principal venerada en este recinto es la de San Francisco Javier o Xavier, una obra quiteña elaborada en el siglo XVIII.En su sección baja, el altar se destaca por un banco ricamente adornado con diseños de plantas y flores en oro.Las columnas, caracterizadas por un fuste liso, están embellecidas con decoraciones barrocas que ascienden hasta un capitel corintio.La parte superior de la estructura se sostiene por un arquitrabe, un friso y una cornisa en niveles.Dentro de esta cornisa se halla una hornacina pequeña, que actualmente no alberga ninguna figura o imagen.El retablo se compone de un altar en su base y tres columnas salomónicas a cada lado del nicho central.En la baranda, toda calada, se entrecruzan pájaros de colores, enredaderas, flores y frutos.La fachada principal, de estilo barroco para los especialistas, es una de las más monumentales que dejó en la Nueva Granada la arquitectura del siglo XVIII, y se atribuye al mismo Antonio García.Las flores rojas de esta noche simbolizan el infinito amor que expresó Cristo al instituir la Sagrada Eucaristía.En los pasillos sobre las naves laterales del templo hay dos momias de religiosos que habitaron el convento y la iglesia.
