En esta ciudad ejecutó gran cantidad de encargos, especialmente para órdenes religiosas.

Gracias a esta colaboración, Mena pudo asimilar unos procedimientos de trabajo más elaborados y un nuevo concepto estético que desarrolló por la vía de la perfección técnica y el realismo.

Durante su estancia en Málaga tuvieron otros ocho hijos, quedando en vida sólo dos, José, capellán real en la Capilla Real de Granada y Juana Teresa en el Císter, donde ya estaban sus hermanas Andrea y Claudia Juana.

Destacó por su gran capacidad de trabajo así como por sus dotes administrativas y su visión comercial.

[9]​ Durante estos últimos años de vida, se cree que la participación de Mena en los trabajos del taller se limitó a dibujar y hacer bocetos, ya siempre con modelos repetidos, pero que cumplían los encargos solicitados al taller.

La gran influencia que tuvo Alonso Cano sobre su obra artística, se aprecia en que los rostros femeninos los va haciendo más ovalados, los cuellos más largos, la nariz la perfilaba estrechándola y reducía la boca.

El conocimiento de las obras y artistas castellanos le lleva a simplificar las formas y los volúmenes de sus figuras, sobrecargando en cambio su contenido espiritual; es cuando consiguió sus mejores obras.

Sólo en su última etapa los modelos se volvieron más simples, y es donde se aprecia su maestría y su habilidad técnica, ya que sin gran esfuerzo, realizaba obras muy dignas.

Los modelos iconográficos que empleaba en su gran mayoría no eran creaciones personales, sino que estaban inspirados en los realizados por sus allegados: su padre, Alonso de Mena —su gran maestro—, Alonso Cano, Gregorio Fernández, Pablo de Rojas.

[12]​ Mena se dedicó sobre todo a tallas generalmente pequeñas, con temas como el Niño Jesús, Santos, Inmaculadas, Dolorosas y Ecce Homo, con sólo un Crucificado, desaparecido.

Con el tiempo dejó esta labor en manos de un pintor especialista que lo realizaba siempre bajo su supervisión.

A partir de su colaboración con Cano, fue dejando las estofas y prefiriendo los tonos lisos con colores contrastados y el realismo en las austeras estameñas del hábito de los santos franciscanos.

La llegada de Cano al taller y sus mutuas colaboraciones hacen difícil precisar las autorías concretas.

Este tema fue representado varias veces por Mena a lo largo de su vida laboral.

Es evidente que ésta es una de sus obras más importantes y mejor logradas.

La iconografía que representó fue la momia del santo, tal como se describe cuando fue contemplada hacia 1449 por el papa Nicolás V en la basílica inferior de San Francisco de Asís, en su sepultura, puesto de pie, cubierto con capucha, mirando al cielo con las manos ocultas en las mangas y mostrando el pie descalzo con la llaga.

La imagen la guardaron las Salesas Reales hasta su exclaustración en 1870, cuando fue trasladada al Museo de la Trinidad.

El Ecce Homo es la representación del momento en que después de ser azotado Jesús, con corona de espinas, manto y soga al cuello, es mostrado por Poncio Pilato al pueblo según el evangelio de Juan (19, 5) y dice: Ecce Homo, («este es el hombre»), que es lo que dará nombre a esta iconografía.

Aunque hay realizaciones anteriores tanto en pintura como en escultura, es durante el Barroco cuando se encuentran más muestras ejecutadas por artistas en la pintura (Tiziano) como en la escultura (Alonso Berruguete, Juan de Juni, Diego de Siloé y sobre todo, Gregorio Fernández).

La calidad de las vestiduras talladas con los más mínimos detalles queda resaltada por la magnífica policromía.