A principios de julio del año siguiente, el conde de Buenavista cede a los Padres Filipenses la iglesia, compuesta por una capilla superior y otra subterránea, una sacristía, numerosas ornamentaciones, esculturas, pinturas, una vivienda situada junto a la iglesia, y varias casas situadas en calles aledañas para el sostenimiento de la congregación.El 11 de julio de 1739, se efectuó una procesión desde la catedral a la capilla, en la que participaron los dos cabildos, cofradías, parroquias y comunidades religiosas, un día más tarde se llevaba a cabo la primera misa oficial en la capilla.Nuevamente el proyecto se ve truncado por la muerte del obispo, quedándose la congregación sin patrimonio para la realización de las obras.Una vez obtenida la licencia, y gracias a las casas donadas por el conde Buenavista junto con las numerosas limosnas otorgadas por los fieles, dan comienzo las obras un año más tarde coincidiendo con la muerte del padre Rojas, teniendo que ser detenidas en 1758 por falta de medios, no obstante se siguieron realizando tareas de escasas envergaduras.En 1771, se reanudan las obras dando comienzo a una segunda fase en la que intervinieron grandes figuras de la arquitectura barroca, como el arquitecto Ventura Rodríguez, el cual se limitó a aprobar las obras ya realizadas y a proponer ligeros cambios, y Martín de Aldehuela, posiblemente realizador unánime de la sacristía.[1] Las obras culminaron en 1785, pero Martín de Aldehuela no comenzó a realizar el tabernáculo hasta cinco años más tarde.En la calle Parra y plaza Montaño se hicieron hogueras con los objetos sacados del templo.
