[12] El nuevo museo integraba en su colección fundacional los fondos del antiguo museo Loringiano, colección arqueológica formada en el siglo XIX por los marqueses de Casa-Loring, así como los fondos arqueológicos del entonces Museo Provincial de Bellas Artes y los procedentes de las diferentes excavaciones realizadas desde los años 30 del siglo XX en la propia Alcazaba de Málaga y otros yacimientos arqueológicos de la provincia.En la entrada veremos La Dama de la Aduana, una estatua romana del siglo II encontrada durante la construcción del palacio, así como el patio restaurado del Palacio de la Aduana, que es de libre acceso e incluye naranjos, palmeras, una fuente y paneles informativos sobre la historia del edificio, por ejemplo la visita de la reina Isabel II en 1862 a este lugar.En esta planta también se encuentra la tienda, la sala de exposiciones temporales, el vestíbulo, la consigna, una cafetería, abierta en mayo de 2018,[15] y el almacén visitable, un espacio innovador en el cual los visitantes podrán ver las obras que están siendo restauradas u otras que no pueden estar expuestas por largos periodos.Además posee una interesante colección de arte moderno español hasta la década de 1950 con obras de Picasso, José Moreno Villa, Rafael Canogar, Juan Barjola, Óscar Domínguez o Josep Guinovart, entre otros; y un pequeño espacio dedicado a la transformación de los dos museos hasta el unificado actual, con videos explicativos de dicho proceso, como la manifestación llevaba a cabo por la sociedad malagueña en 1997 como reclamo para la apertura del museo.[18] El único catálogo editado hasta 2014 sobre las colecciones del museo Arqueológico Provincial se publicó en 1933.[12] En él puede leerse.- La colección arqueológica posee unos fondos de más de 15.000 piezas, que abarcan un periodo histórico desde siglo VIII a. C. hasta el Medievo: egipcias, fenicias, griegas, romanas, árabes, cristianas y bizantinas.[19] Parte de la colección del Museo Loringiano ha sido restaurada y trasladada desde el Jardín Botánico.
