[5]​ Su nacimiento tuvo lugar en Buenaventura por encontrarse su padre desempeñándose en ese momento como administrador de aduanas en dicha ciudad.

Su tía Teresa Pombo O'Donnell se hizo cargo de su educación elemental y se trasladó con ella a Bogotá, donde Margarita ingresó al Colegio del Sagrado Corazón, plantel femenino fundado y regentado por Sixta Tulia Pontón y Piedrahíta, viuda del General Francisco de Paula Santander.

Llegó a dominar con gran fluidez la lengua francesa hasta convertirse en una avezada traductora de dicho idioma al español.

Publicó varios escritos de su autoría en la revista Popayán, fundada por su hijo Miguel Arroyo Diez y Antonino Olano.

[11]​ Aguda observadora del devenir de su época, en sus Apuntamientos narra con detalle las circunstancias del asesinato de su primo, el presidente Julio Arboleda Pombo en 1862, así como la toma de Popayán por fuerzas opositoras años después, circunstancia en que su propia familia sufrió grandes hostigamientos: En una carta fechada en 1893, el historiador panameño Juan Bautista Pérez y Soto le pide ayuda a Diez-Colunje para reunir datos sobre los acontecimientos en el Cauca, con destino a un libro que tenía en preparación.