El mismo había sido planeado con dos torres, pero cuando fueron expulsados los Jesuitas en 1767 faltaba por construir una.

En la iglesia de la Compañía de Jesús desde sus etapas más primitivas, fueron fundándose juntas que tuvieron como sede este templo, al mismo tiempo que nuevas devociones llegaban al recinto.

La planta corresponde al tipo seguido por los Jesuitas en la América; nave central y capillas laterales, cubiertas con bóvedas de medio cañón.

El crucero se realza con hermosa cúpula dotada de linterna.

Rematadas por cornisas mixtilíneas que albergan a los Evangelistas en bulto rompiendo la tradición de colocarlos sobre las pechinas.

Tanto la portada como el lavamanos son los dos monumentos más barrocos del arte colonial en Popayán.

Laterales al crucifijo están las pinturas del Sagrado Corazón de Jesús a la derecha y el del Sagrado Corazón de María ambas enmarcadas en arco de medio punto y flanqueando a ambas imágenes hay dos medallones, uno a la derecha que representa un corazón entre una cruz y el madero, mientras que el de la izquierda contiene un jarrón del cual surge una hostia con resplandores que podría representar la eucaristía.

Es el espacio que recibe mucha relevancia obre todo durante los actos del Jueves Santo, en torno a la solemnidad de la Última Cena y los monumentos.

Flanqueando el nicho central hay dos columnas salomónicas bordeadas por lianas de vid que sustentan el gran dosel constituido por tres arcos polilobulados de los que surgen dos querubines en pleno vuelo.

Hoy en día este Cristo sale a procesionar en la Procesión dedicada en su honor durante la noche del Sábado Santo y con sede en la Catedral de Nuestra Señora de la Asunción.

Tiene una constitución semejante a todos los altares del templo, los cuales cuentan con un pedestal en su parte inferior que sostiene una base que en este caso es escalonado en tres secciones, siendo la primera sin ornamentos barrocos como si los tienes las otras dos superiores.

Es el menos decorado y ornamentado de todos los que tiene en su inventario la iglesia.

Sin embargo, eso no demerita la importancia histórica que cuenta este espacio.

Su estructura resulta ser muy simple ya que es básicamente un nicho empotrado en la pared que esta rodeado por un marco de madera a cuyos pies se alza un sotabanco de madera en donde se ponía el altar para celebrar la antigua liturgia de la misa tridentina en los tiempos coloniales en honor a la advocación religiosa a la que estuvo dedicado el recinto en sus orígenes.

La imagen venerada es la de San Gerardo María Mayela, un santo que fue entronizado aquí durante la época en que los redentoristas regentaban la iglesia, la solemnidad del santo se celebra el 16 de octubre.

A este santo se le atribuye el patronazgo sobre las madres embarazadas y un posterior parto feliz, además de los niños.

[6]​ Fue entronizada en la iglesia durante la época en la que los padres redentoristas regentaron el templo.

Se destaca por no contar con el barroco como su estilo arquitectónico como si lo es en todos los demás altares, sino que está estructurado y elaborado siguiendo las normas del Neoclásico.

Se encuentra empotrado en el pilar suroccidente que sostiene tanto el arco toral como la cúpula de la iglesia, es una obra realizada bajo los lineamientos de la arquitectura neogótica, alejándose abruptamente del tradicional barroco de casi todo el centro histórico, sin embargo, aun contiene ciertos elementos que rememoran aquella época.

La escalera de acceso da hacia la nave del Evangelio, su baranda está adornada con siete arcos ojivales, el pedestal tiene una base en piedra sobre la que se sustenta una columna que la une con la cazuela o también conocido como flamero.