La iglesia es de planta basilical con dos naves laterales, la central siendo más alta y ancha que las demás.
Al quedar el convento y la capilla arrasados, se vio en la urgente tarea de reconstruirlo todo, tal como se estaba efectuando con los otros templos del centro.
Por lo que los frailes agustinos buscaron el apoyo entre la clase aristocrática y el campesinado para las obras de renovación, logrando algunas limosnas de gran valor como el del presbítero José Beltrán de Caicedo, pero que eran insuficientes para levantar el proyecto ideado, no fue sino hasta que se le consultó al rico burgués y comerciante don Jacinto de Mosquera y Figueroa, cuya mansión sobrevivió al sismo, si pudiera colaborar con la causa que donó sin vacilar una generosa cantidad de dinero, la cual se sumó con los 10000 pesos que entregó muy benévolamente la marquesa de San Miguel de la Vega, doña Dionisia Pérez Manrique y Camberos.
[2] Fue también gracias a tal devota y buena noble española, que el arquitecto santafereño Gregorio Causi fue contratado para diseñar los planos y dirigir la construcción del nuevo templo.
El gran arco toral separa a la nave central del presbiterio, el lugar más sagrado porque ahí se celebra la santa misa en el altar mayor enfrente del impresionante retablo barroco, a la izquierda de esta se ubicó la sacristía que tiene tanto acceso tanto al despacho parroquial, al camarín posterior y a los pisos superiores de la torre sur por medio de una escalera de caracol.
A causa del preocupante deterioro que se fue presentando en todo el claustro en general, hacia la década de los 70 y después de un sismo ocurrido en 1967 se efectuó una restauración de amplias proporciones que consolidó la estructura y recuperó la fisionomía original, lo mismo se hizo con el convento que fue renovado y hoy es la Institución Educativa San Agustín regentado por las Hermanas Vicentinas.
En abril del año 2021, durante unas obras de cambio de calzada en la calle 7, se descubrió un antiguo andén empedrado que databa del siglo XVIII, siendo hasta más antiguo que la iglesia por lo que la alcaldía emprendió un proceso de restauración y dejó a la luz una parte del hallazgo como muestra del diseño virreinal que tenía la plazuela de San Agustín.
En la Iglesia de los padres agustinos desde sus etapas más primitivas, fueron fundándose juntas que tuvieron como sede este templo, al mismo tiempo que nuevas devociones llegaban al recinto.
El retablo central ubicado en el presbiterio es sin duda la más bella joya que guarda la iglesia de San Agustín, ya que es uno de los que contiene el más puro estilo barroco neogranadino con todos los elementos característicos de esta corriente arquitectónica presentes.
En su nivel inferior tiene un sotabanco en cuyo centro sobresale el antiguo altar en el que se celebraba la misa tridentina desde los tiempos coloniales hasta el Concilio Ecuménico Vaticano II, cuando se cambió por la liturgia actual, lo que conllevo la erección de una nueva mesa para las celebraciones religiosas, sostenido por columnas enroscadas a los lados de una águila bicéfala dorada.
Acompañan a la Virgen de los Dolores, San José con el niño a su derecha y Santa Marta a la izquierda (La misma que hace parte del paso El Encuentro), separados entre por columnas salomónicas geminadas con capiteles de orden corintio en cuyas bases está representado un sol antropomorfo similar al Incaico.
Lamentablemente murió en su sede episcopal durante el brutal asedio que perpetraron los vándalos del rey Genserico el 28 de agosto del año 430 en tiempos del decadente Imperio romano de Occidente Curiosamente no siempre este espacio estuvo dedicado a San Agustín, sino que durante mucho tiempo aquí estuvo instalada una imagen de San José con el niño en sus brazos, no fue sino que hasta la década de los 2010 que la imagen del obispo se trajo aquí desde el altar mayor y se llevó la del patriarca hasta el lugar desocupado.
El retablo está constituido por un altar de piedra finamente labrado con motivos de alas de águilas en su sotabanco que se usaba para celebrar la misa en su forma más tradicional con la lengua litúrgica en latín, sobre esto se levantan las bases de sendas columnas salomónicas delgadas que dan sustento a unos capiteles similares a los del orden corintio que sobre estos sostienen un pequeño arquitrabe en cada pilar.
La fiesta de esta advocación se celebra con gran pompa y solemnidad dejando varios arreglos florales en la capilla.
Para que después se mencionara explícitamente que "su madre atesoraba todas estas cosas en su corazón" (Lucas 2:51),[5] El segundo y último retablo de la nave del evangelio es sin duda el más sencillo de los que posee la iglesia de San Agustín, sin embargo, guarda una belleza singular.
A partir de ese año y hasta la actualidad, el capirote se usa descubierto por ley.