En un principio era un fiel realista, pero luego se pasó al bando independentista, recibiendo órdenes del general Francisco de Paula Santander.

[4]​ Fue adoptado por ricos comerciantes realistas pastusos, quienes lo educaron con el sentimiento pro-español.

En 1816, el padre de José María regresó a Popayán, acosado por las tropas independentistas, muriendo en Pasto.

Por sus victorias, el general Francisco de Paula Santander lo puso a cargo del mando civil y militar de esa ciudad en 1826, logrando así tener los mismos títulos que ostentaba cuando estaba en el ejército realista.

Sin embargo la rebelión no llegó a representar problemas para la dictadura de Bolívar.

Obando fue nombrado ministro de Guerra de Santander, pero tuvo que dejar el ministerio para viajar a Nariño durante la guerra colombo-ecuatoriana, para recuperar este territorio invadido por Juan José Flores, radicándose después en Popayán.

[10]​ En 1835, Obando viajó a la capital en compañía del obispo Manuel José Mosquera (hermano de Joaquín y Tomás Cipriano), y en ese tiempo coincidió su viaje con su proclamación en la provincia de Panamá como candidato a la presidencia.

Se estableció en Lima, donde recibió asilo político del presidente Juan Crisóstomo Torrico.

Derrotado Torrico por Francisco Vidal, tuvo Obando que dirigirse a Chile, donde fue amigo de varios exiliados como Domingo Faustino Sarmiento, el maestro Andrés Bello y otros.

Entre sus cambios más importantes destacan la implantación del federalismo, la abolición de la esclavitud, la libertad religiosa y se le eliminó la personería jurídica la Iglesia Católica.

La carta política, abiertamente liberal y federalista, fue derogada en 1858, por la ola conservadora del presidente Mariano Ospina Rodríguez.

Además, las reformas implantadas en la constitución debilitaron al presidente y a sus aliados, los artesanos, ya que se le dio mayor poder a las provincias, quienes era partidarias del libre mercado y las importaciones.

Al borde de ser destituido por los gobernadores provinciales que la constitución designaba, los artesanos y el general izquierdista José María Melo le ofrecieron la posibilidad de convertirse en dictador popular, opción que Obando no aceptó y en su lugar optó por renunciar.

Una vez derrotada la revolución, gracias a una poderosa coalición de Mosquera con Julio Arboleda, Joaquín París y el expresidente Herrán, Melo fue expulsado de Colombia y se dispuso que Herrera fuera presidente.

Obando se reconcilió con Tomás Cipriano de Mosquera y pudo regresar a Cauca.

El homicidio generó un escándalo en la Popayán de la época, lo que afectó a Obando, dado que Ana nació en la clandestinidad, a raíz del crimen cometido por su madre Dionisia, y como consecuencia, el origen de José María era irregular.

El niño fue bautizado como José María Ramón, hijo de padres desconocidos.

Su amor con Timotea llegó a ser reconocido en el tiempo, y fue motivo de admiración por políticos y poetas, dado que no era frecuente el tipo de relación tan estrecha que llevaban los esposos.

Por ejemplo, el expresidente Salvador Camacho llegó a afirmar[10]​ ː Se sabe que Obando y Timotea llegaron a cultivar un hogar muy sólido, aún con los hijos del primer matrimonio de Obando.

Los estudiosos indican que quizá su pasado irregular motivó su sentimiento de familia.