Conviene subrayar que esta economía creciente se tradujo en una mayor ornamentación de las casonas y las nacientes iglesias construidas por la elite española en el centro histórico.

De esta iglesia actualmente solo sale una procesión con pasos miniatura protagonizada por niños en la tarde del Miércoles Santo como muestra a propios y turistas, pero en la Semana Santa nocturna, San José no alberga procesión alguna, aunque en el pasado dio cobijo a la Procesión del Lunes Santo en 1885 por la destrucción de la catedral por un sismo, hasta su extinción en 1906.

La iglesia sufrió un cambio muy importante a comienzos del siglo XX en la que se le añadieron dos torres cilíndricas terminadas en conos de apariencia medieval a su fachada, estas alteraciones duraron hasta los años 70 cuando se le dio su apariencia actual con su torre espadaña y su portada en estilo neocolonial.

Este templo junto con el convento perteneció a la Orden de Nuestra Señora del Monte Carmelo más conocidos como carmelitas hasta 1863 durante la masiva enajenación de bienes a las órdenes religiosas por el estado.

[11]​ El Real seminario funcionó en su antigua ubicación hasta 1970 aproximadamente, cuando se traslada hasta Campamento donde actualmente opera, la histórica casona fue adquirida por la Fundación Universitaria de Popayán a su creación en 1982 por monseñor Samuel Silverio Buitrago siendo actualmente su sede.

Hacia finales del siglo XVI, el claustro poco a poco se fue convirtiendo en un colegio para damas sobre todo las señoritas más pudientes de la aristocracia colonial de la ciudad siendo ya más que un simple albergue, por este hecho se suele decir y considerar a este convento como el primer colegio para mujeres de toda Colombia cabe aclarar que esto no se ha confirmado del todo aún, lo que si se tiene muy presente es que esta institución se volvió un polo de enseñanza en la región y hasta en el Nuevo Reino de Granada además de que gracias a los ingresos que generaban los dotes recibidos por las familias ilustres las instalaciones fueron creciendo, hasta que a fines del siglo XVII el complejo adquirió su fisionomía actual e incluso expandió sus terrenos cuando el rey en 1698 les cedió una huerta al sur para el sustento, al ser expropiado este monasterio por el gobierno en 1863 aquellas tierras de labranza sobre la calle de las Cárceles fueron convertidas en una cuadra, la cual sirvió como un mercado improvisado hasta que se construyó a mediados del siglo XX el Centro Comercial Mundo Center o Anarkos, actualmente en ruinas.

Ya en la cima se rezaba en torno al pesebre, la novena de aguinaldos entonadas con villancicos y acompañados por la tradicional chirimía.

Cuando el primitivo poblado asentado en las faldas del Cerro de la Eme se desplazó a los valles occidentales, se vio necesario construir una plaza de armas como era típico en las urbes españolas por lo que se trazó la rudimentaria explanada la cual empezó a ser utilizada como mercado, mientras tanto los linajes aristocráticos se repartían los terrenos aledaños para levantar sus lujosas viviendas coloniales, hacia 1538 se instaló en el centro del futuro parque un cepo donde fueron decapitados los españoles Jorge Robledo y Álvaro de Oyón, este patíbulo permaneció en ese lugar hasta 1766 cuando fue reemplazado por un chorro, durante la era de la independencia y el régimen del terror en este sitio fueron ejecutados varios patriotas por órdenes tanto de Pablo Morillo como de Simón Bolívar entre los que destacan José María Cabal, Agustín Agualongo, Carlos Montufar, Mariano Matute y José María Quijano, entre otros.

Este sitio se cree que fue usado para ceremonias rituales e incluso funerarias gracias a los hallazgos encontrados durante las excavaciones llevadas a cabo por la Universidad del Cauca en julio de 1957 bajo la dirección del antropólogo colombiano Julio César Cubillos Chaparro.

Según César Cubillos en torno a esta pirámide existió una cultura muy sofisticada para la época.

La casa permaneció casi sin modificaciones drásticas, hasta que en el año 1909 un fuerte sismo azotó la ciudad, lo que dejó al edificio en pésimas condiciones por lo que fue reconstruido pero en estilo ecléctico, el cual era muy popular por esos días en Bogotá, la nueva alcaldía contó con dos columnas de gran grosor flanqueando el arco de entrada, estas a su vez sostenían un balcón el cual tenía en su cima un bello frontón triangular, las ventanas del segundo piso estaban coronadas por frontones tripartitos y semicirculares intercalados entre sí y contaba también con franjas horizontales paralelas en bajorrelieve que adornaban las paredes de la fachada, todos estos elementos fueron eliminados durante la restauración del palacio después del fatídico Terremoto de Popayán del año 1983, el cual hizo colapsar su esquina noroeste y parte del techo, quedando la construcción como luce hoy día.

[25]​ El terremoto de 1983 averió enormemente los muros y el techo, esto conllevó a varias modificaciones drásticas del edificio sobre todo en su interior siendo suprimido su bello zaguán y su distintivo patio central empedrado, además de añadirle sus dos portales de piedra clausurando con esto las tiendas del primer piso y cerrando también la parte descubierta del antiguo jardín, pero todo lo demás fue conservado, después de esta intervención pasó su propiedad al Banco Central Hipotecario y por último al Banco Agrario para ser su sede principal en el centro.

[27]​ Esta entre las calles del Humilladero y de La Pamba (Carrera 6 con Calle 3), consta de un edificio de singular diseño en estilo modernista que rememora en forma y belleza a la antigua apadana del Palacio de Darío en Persépolis teniendo en común sus altas columnas que sostienen un enorme techo rectangular, sirviendo esto como un vestíbulo para la sala principal en este caso es la biblioteca, en su fachada sur también cuenta con ventanas y balcones en el segundo piso, mientras en su esquina noreste posee una fuente sobre la cual hay una pequeña cúpula en el tejado, colindando con todo este conjunto se encuentra el parque Julio Arboleda en honor al prócer-poeta.

Por medio del decreto 2248 11-XII de 1996, fue declarado todo el edificio y la pintura como Monumento Nacional.

Tanto la casa Mosquera como el Centro de Investigaciones Históricas datan de la misma fecha de fines del siglo XVIII, ya que esta última fue destinada para la servidumbre que incluía a criados y esclavos, contaba con un gran portón con zaguán hacia la calle 3 y otra hacia la carrera 5 (actualmente modificadas o suprimidas), en total el complejo cuenta con cuatro patios empedrados de gran belleza que se comunicaban entre sí por medio de escaleras en piedra que daban como resultado un balcón o mirador hacia la ribera del río Molino donde antes se hallaban amplios potreros para la ganadería pertenecientes a los Mosquera.

Esta majestuosa casa se halla emplazada sobre la Calle de Santo Domingo (Calle 4) consta de dos pisos en donde el primero resalta por sus ventanas con un marco cuadrangular y miradores en el segundo piso coronados por frontones semicirculares, también engalanan su fachada dos hermosos portales fabricados en mampostería con sus respectivos balcones enmarcados en ladrillo y con un frontón triangular en la parte superior.

Con el pasar de los años, esta casona albergó a varias personalidades y familias importantes para la historia payanesa, inclusive nacional.

En su parte inferior hay distintos locales comerciales, tales como dos puestos de fotocopias, un café y el más importante que es la ''Papelería Central'' que abarca la esquina y todo el costado occidental siendo uno de los negocios más conocidos del sector.

Después de estos hechos la casa fue dividida, siendo la parte norte habitada por el Dr. Víctor Mosquera Chaux y la otra parte fue donde posteriormente vendría al mundo el historiador don Gustavo Arboleda en 1881 (hoy en día sede de la Fundación Politécnico Latinoamericano del Norte).

Tras estos hechos y en pleno siglo XX la casona fue adquirida por el Instituto Geográfico Agustín Codazzi para ser su sede en Popayán, pero el terremoto de 1983 le dejó afectaciones, siendo restaurada por la entidad dueña, dándole además resistencia a los sismos y cambiando algunos aspectos de la casa original para adecuar sus oficinas.

Esta vivienda en particular tiene un basamento visible consistente en ladrillo y piedra, además de posees en la esquina el típico sitio donde las gentes se podían rascar el picor que causaban las niguas que abundaban por las calles empedradas de la ciudad, en su interior contaba con un patio y una serie de ventanas que dan al exterior, una en su fachada oriental y 8 en el lado sur, la entrada principal esta en su costado norte.

Por desgracia, la hermosa y amplia casona no soportó los embates causados por el Terremoto de 1983, colapsando los dos pisos y solo quedando en pie las fachadas y paredes internas, el sitio permaneció en ruinas por algún tiempo, hasta que la Gobernación del Cauca se adueñó del lote y destruyó lo que quedaba, sirviendo este lugar como parqueadero o sede de las artesanías de Semana Santa, actividades dañinas con los pocos vestigios sobrevivientes, ultrajando el prestigio que la Casa le dio a Popayán en el pasado.

Con una planta de una sola nave y una capilla lateral al norte unida al presbiterio, contaba con 3 accesos principales para los feligreses, uno lateral que consistía en un arco de medio medio punto enmarcado por dos columnas que sostenían un dintel rectangular, este acceso y junto con otro al lado daba hacia un parque ajardinado que aún se ubica en la esquina.

En oposición a todo esto, fue declarada como Monumento Nacional por ley junto con las demás estaciones del pacífico.

Perdiéndose para siempre esta joya patrimonial y solo quedando en el recuerdo del pasado.

Por lo que se adquirieron unos extensos lotes a la orilla del río meridional del centro, colindantes con los pertenecientes al teniente Gobernador don Cristóbal Manuel Mosquera y Prieto de Tobar, quien habitaba ahí junto con su esposa y su prima doña Juana de Mosquera, a la muerte de esta última en 1781, la propiedad se destinó como orfelinato, quedando listo junto con el hospital y una capilla anexa el conjunto para servicio de la ciudad que por ese entonces tenía a duras penas 7000 habitantes.

En la actualidad, sobre sus restos está construido el moderno edificio Negret y la sede de la Lotería, existiendo un patio vacío entre ambos sitios.

[40]​ Después del terremoto de 1736, se edificó otra vivienda esquinera que perduró muchos años.

Por lo que a partir de los años 90 se fueron transformando gradualmente las residencias coloniales en almacenes o locales por lo que se afectó su fisionomía original, los cambios más comunes fueron la destrucción de los patios empedrados por bodegas, los zaguanes y las habitaciones adyacentes convertidas en espacios comerciales.

Otras casas simplemente por la falta de mantenimiento o por la constante humedad que ha flagelado a Popayán desde siempre, le ha pasado factura al bahareque y guadua con la que están hechas las casas, dejándoles en muy mal estado y la actitud de los propietarios no ayuda mucho, al ver esta situación optan por demoler la vivienda y construir una nueva en vez de someterla a restauración o simplemente las dejan en abandono con un lento deterioro que las lleva al colapso.