Su segundo en la autoridad del mando militar era el sargento mayor José María Moledo, quien con otros oficiales como el capitán Antonio Baraya no sólo simpatizaron con la revolución, sino que tomaron parte en ella.

Sámano esperó ansiosamente la orden del virrey para suprimir la revuelta, permaneció en su cuartel toda la noche, vigilado por Moledo y por Baraya, quienes habían jurado obedecer a la Junta Suprema de Santa Fe.

[3]​ Según el historiador José Manuel Groot, tras prestar el juramento Pey le había dicho a Sámano la siguiente frase "Señor don Juan, que estás promesas no se cumplan cómo las de Quito".

Esto quedó expuesto en un oficio reservado escrito años más tarde por el general Pablo Morillo donde decía que: "Desde antes de la revolución que hizo deponer al virrey Amar, era Sámano conocido por la rigidez de sus costumbres, conocimientos militares y carácter inflexible contra los malos.

A Sámano se le expidió un pasaporte para que saliera del Nuevo Reino de Granada.

Sámano no aceptó la capitulación propuesta por la junta sino un sometimiento incondicional y se negó a dar una contestación por escrito.

La conducta de Sámano y sus tropas, en desacuerdo con las órdenes recibidas del gobernador Montes, fue inicua.

Serviez tomó el mando de estas tropas, unos 150 en total, y los organizó para resistir a los realistas.

Al comenzar esta campaña Sámano se encontraba aún en Popayán con alrededor de 1.700 hombres.

Ahí colocó sus tropas en tres puntos: en la llanura había varios grupos formados en batalla con dos piezas de artillería y la cabaliería; sobre el puente tenía una división y otra en el bosque que dominaba el camino, cubierta con los árboles de tal modo que, con respecto a los patriotas, el río quedaba a la derecha, el campo realista a la izquierda y al frente las emboscadas.

El combate resultó en una derrota para Sámano quien fue forzado a replegarse hacia Popayán donde destruyó el parque, pensando que la caballería patriota lo perseguía, después se dirigió a El Tambo, dejando que Popayán cayera en manos de los patriotas.

Ese mismo día desde El Tambo escribió al teniente coronel Asín para que se le reuniera en una operación convergente sobre el ejército patriota.

Tras recibir las noticias sobre lo ocurrido en el Alto Palacé, el teniente coronel Asín marchó rápidamente para reunirse con Sámano.

Marchó hacia el alto de Piendamó, donde fue bloqueado por los patriotas, quienes intentaron intimarlo a rendirse, a lo cual Asín contestó rudamente al coronel Urdaneta quien había sido mandado por Nariño para proponerle su rendición.

[15]​ Desde ese momento Sámano contaba con una fuerza de 1.025 hombres, muy buena artillería y caballería.

Nariño ordenó el ataque de su flanco derecho al mando del coronel Cabal.

[17]​ La derrota fue total para el ejército realista, donde perdieron una gran cantidad de soldados y equipamientos.

Entre los rebeldes ejecutados se encontraban Camilo Torres, el Sabio Caldas, Joaquín Camacho, Frutos Joaquín Gutiérrez, Antonio Villavicencio, Antonio Baraya, José María Carbonell, Liborio Mejía, Jorge Tadeo Lozano, Policarpa Salavarrieta, Alejo Sabaraín Ramos y Francisco Javier García de Hevia.

Fundó la Academia de Medicina en Bogotá, pero la Audiencia envió quejas contra el virrey a Madrid.