Esta iglesia es llamada como ''de las custodias'', debido a que todos los retablos laterales están coronados por soles resplandecientes que encierran motivos religiosos y semejan a este elemento litúrgico utilizado durante la exposición del Santísimo Sacramento.

Comenzando con acontecimientos turbulentos como la Independencia de Colombia en 1811, la ciudad se vio sacudida por varios eventos lamentables como el gran saqueo por parte de Antonio Nariño que arrebató mucho del arte y patrimonio payanes para servir a la causa libertadora.

[8]​ Tuvo lugar el 31 de marzo de 1983, contando con una magnitud tal que toda la ciudad fue semidestruida, quedando el claustro en muy malas condiciones, sobre todo comprometiendo la techumbre, las paredes y con ello los hermosos retablos barrocos.

Sufriendo el convento unas averías tales que el Colegio Mayor se quedó sin sede por mucho tiempo, siendo la restauración del edificio financiada por la misma institución,[9]​finalizándose a los pocos años después.

Siendo una de las iglesias del centro histórico que más tuvo junto a la Catedral.

Lastimosamente casi la totalidad de las advocaciones que algún día contaron con una cofradía en la iglesia en la actualidad ya no pertenecen a la Encarnación, ya porque fueron sustraídas, saqueadas, vandalizadas, donadas, vendidas o simplemente desaparecieron.

[11]​ El piso superior de nichos presenta en el medio y como lugar central privilegiado del retablo al camarín enmarcado por un gran arco de medio punto formado por elaboradas dovelas doradas.

A la izquierda se sitúa una talla de Santa Teresita del Niño Jesús.

El primer retablo sobre la pared sur que da hacia el convento que hoy en día es el Colegio Mayor del Cauca, es una opulenta obra barroca que consta con un sotacoro adornado con dos rectángulos concéntricos adornados con arabescos dorados en sus interiores, sobre este altar se celebraba la misa bajo la forma de la liturgia tridentina.

La imagen que se venera en este retablo es la del Ángel de la Resurrección, la cual es una obra payanesa del maestro español José Asencio Lamiel realizada en el siglo XX, la cual salía en sus orígenes en el paso de La Oración del Miércoles Santo con sede en la Ermita de Jesús Nazareno, Santa Bárbara y Santa Catalina de Alejandría hasta que fue cambiada por una talla quiteña del siglo XX.

Por encima del altar donde antaño se celebraba la misa tradicional tridentina se levantan dos basas en forma de hojas de acanto que sustentan columnas salomónicas con los fustes enroscados y bordeados por lianas, las cuales llegan hasta el capitel que es del tipo orden compuesto entrecruzado con palmiforme, el cual era muy común durante la época colonial, el combinar órdenes y estilos de la era grecorromana.

[12]​Por lo que muy posiblemente este retablo fue destinado en sus orígenes a Nuestra Señora de la Candelaria.

Consistente en un sotabanco en la parte inferior que servía en tiempo coloniales para las celebraciones litúrgicas, frente al altar esta el sagrario que hoy en día se ve sin decoración alguna, a la diestra e izquierda del mismo se levantan las bases que sustentan dos sendas columnas de fuste liso.

El remate del altar cuenta en su centro con vides y unas escaleras flanqueando un medallón.

Su acceso consiste en una escalera que esta incrustada en medio de la pared y la lleva hacia el respaldo.