En el templo de El Carmen desde sus etapas más primitivas, fueron fundándose juntas que tuvieron como sede este templo, al mismo tiempo que nuevas devociones llegaban al recinto.

Siendo una de las iglesias del centro histórico que más tuvo junto a la Encarnación y la Catedral.

[11]​ Siendo el primero ubicado de derecha a izquierda sobre la pared norte, es una impresionante joya barroca del siglo XVIII, destacando tanto por la exuberancia de su decoración como por el deslumbrante dorado con el que esta bañado, consta de un altar sobresaliente en la parte inferior que servía en el pasado para dar misa bajo el rito tradicional en honor a la advocación a la que estaba dedicada el retablo, siendo estas liturgias más privadas y para grupos más reducidos de personas que usualmente eran miembros pertenecientes a la Cofradía encargada del culto y veneración a su santo patrón.

En el cuerpo intermedio central está el sagrario, cuya puerta es un medallón enmarcado por madera carmesí, por encima de esta se ubica la imagen de San Cayetano de Thiene, santo italiano del siglo XV conocido como el Patrón del pan y del trabajo, cuya devoción se amplió mucho desde el siglo XIX, tiempo en el cual se suele situar la datación de la talla que hoy reposa en el retablo.

Segundo en su posición de derecha a izquierda en los retablos ubicados sobre el costado norte, es una impresionante muestra del tallado payanés del siglo XVIII, su parte inferior se divide en tres cuerpos rectangulares sobresalientes en forma de escalones que a su vez cumplían con la función en el pasado de ser el altar para celebrar la eucaristía particular al santo o advocación a que estuviese dedicado el recinto en la forma de la misa tridentina, en este caso aquí se le rinde culto a San Joaquín quien según varios textos antiguos tanto canónicos (pero sin ser mencionado en la Biblia)[12]​ como apócrifos y la tradición de la Leyenda Dorada fue padre de la Santísima Virgen María, teniéndola a una edad sumamente mayor por lo que su nacimiento fue prácticamente un milagro que previamente fue concedido por Dios al realizar un sacrificio de un cordero (razón por la que lleva uno en su mano izquierda).

[16]​ Se destaca también la inscripción que trae este retablo la cual proclama en latín ''LUCERNA EIUS EST AGNUS''[1]​ la cual traducida al español dice ''SU LUZ ES EL CORDERO'' haciendo referencia al animal que corona el conjunto y que San Joaquín lleva consigo.

Su constitución se basa en un elaborado sotabanco que por desgracia las partes que forman su diseño de plantas entrelazadas está en desorden sin seguir el patrón original.

Estando este recinto dedicado a la veneración de Santa Cecilia de Roma, santa romana itálica del siglo III que murió martirizada durante las persecuciones imperiales, desde tiempos remotos a esta virtuosa mujer se le fue concedido el patronazgo sobre las artes musicales, representándola con algún instrumento (Ya sea con un órgano tubular, laúd, etc.) llegando a ser considerada por el siglo XVII como la personificación de la música.

[18]​ La talla de Cecilia es de hechura quiteña del siglo XVIII, aunque curiosamente durante mucho tiempo (sin que se sepa desde cuando exactamente) se consideró a la imagen como la de un ángel, siendo vestido y adornado como tal; no fue sino hasta la amplia restauración ocurrida en 2008 sobre la iglesia y sus bienes, que los expertos descubrieron la verdadera advocación de la escultura recuperando sus rasgos originales.