El nombramiento de Rector lo hizo directamente el Gobierno Nacional, a través del Vicepresidente Santander.
Fray José Antonio Cháves dirigió el Colegio de Boyacá, inicialmente en los años 1822 y 1823, nombrado por el Vicepresidente Santander.
Sáenz sostuvo esta proposición: “La felicidad del hombre no puede consistir en cosas incompatibles con la naturaleza de su ser”.
Por su parte Juan Gualberto Gutiérrez defendió que “la evidencia es el origen necesario de la virtud, así como la ignorancia lo es precisamente del vicio”.
A las nueve y media de la noche todos debían estar en sus dormitorios, con mucho silencio.
Con este uniforme asistían a la misa todos los domingos y días de fiesta.
Cuando se creó el Colegio de Boyacá, dicha escuela fue anexada a la institución santanderina.
Desde entonces se hacía la fiesta anual al santo patrono, a expensas del Colegio.
En el año 1559 los Dominicos se trasladaron a las casas donadas por el conquistador Arias Maldonado, en donde hoy se encuentra dicho Convento, el Templo de Santo Domingo, la Universidad de Santo Tomás y la Policía Nacional.
Para la construcción total se adquirieron los solares contiguos que pertenecían al conquistador Alonso Maldonado'.
En el tercer año, Física experimental por Brison, Berout, Wolfio; Matemáticas; Moral por Holvach y Elocuencia por Quintiliano.
El de Medicina enseñaba tres horas por la mañana, y por la tarde, los alumnos practicaban Anatomía en el anfiteatro.
El primer Síndico del Colegio de Boyacá, (que actualmente corresponde a la Vicerrectoría Administrativa), fue nombrado el Padre franciscano Fray Tomás Matallana, quien organizó con eficacia y mucha gestión las finanzas de la institución.
En estas joyas se encontraba la corona de la Virgen con 335 esmeraldas y 104 perlas finas.
El Colegio de Boyacá devolvió las joyas al Convento de Monguí, pero lo real fue que desaparecieron, a pesar del concepto del Rector Fray José Antonio Chaves, quien aseguró que habían sido devueltas a dicho Convento.
El Nuncio inculpó al Dr. Márquez, pero esta denuncia nunca se pudo comprobar contra el pulcro y honrado Presidente civilista.
José Ignacio de Márquez fue nombrado primer Rector, pero su dedicación a las actividades políticas y otros motivos personales le impidieron la aceptación en forma definitiva para este honroso cargo, después de haber dado los primeros pasos para la organización universitaria.
Se dispuso que los grados o títulos académicos no fueran necesarios para ejercer profesiones científicas.
Las personas podían tener títulos profesionales, presentando exámenes en los Colegios nacionales, provinciales o particulares.
Numerosos profesores y estudiantes se incorporaron a los bandos políticos para enfrentarse en las guerras.
Se generalizó la idea del Presidente José Eusebio Otálora para reemplazar las carreras humanísticas tradicionales por los nuevos estudios basados en la industria y la agricultura.
La institución se convirtió en el Instituto Agrícola de Boyacá, el cual inició sus actividades en 1880.
Entre los alumnos de este Instituto destacamos al joven intelectual Carlos Arturo Torres, que posteriormente tuvo gran trascendencia en las ideas colombianas.
Se conformó una Consiliatura integrada por el Gobernador, el Rector y dos consiliarios con sus respectivos suplentes, nombrados por la Asamblea para un período de cinco años.
[cita requerida] La Sección Central funciona en el edificio del antiguo Convento de los Jesuitas desde el año 1835.
Desde 1988 en la Administración del Rector Hildebrando Suescún Dávila se organizó la Sección Integrada con educación mixta o coeducación.
[19] La Sección “Rafael Londoño Barajas” se inició en el año 1978 cuando se terminaron de construir las instalaciones, con el apoyo del Ministerio de Educación Nacional y el ICCE., en la Administración del Rector Hildebrando Suescún Dávila.
Bajo la Rectoría del educador Luis Felipe Salinas, se hizo la construcción de siete aulas y amplios espacios para la recreación y el deporte, en el espacio aledaño al Claustro de San Agustín.
Inició sus actividades escolares en agosto de 1982 en la Administración del Licenciado Hildebrando Suescún Dávila.
Allí funcionan los grados transición y primero, distribuidos en diez grupos dirigidos por la Coordinadora, Especialista Beatriz Morales Rodríguez.