Promovió medidas económicas orientadas a sanar las finanzas luego de la independencia y al modelo del proteccionismo comercial.Posteriormente, Mosquera dejó el cargo por conflictos morales ya que el presidente empezó una serie de reformas liberales relacionadas con el laicismo y la educación pública.En las elecciones, Márquez se enfrentó al veterano de la guerra de Independencia y exministro de guerra José María Obando, apoyado por Santander,[8] y al político radical Vicente Azuero (mano derecha del presidente Santander), ambos representantes del sector progresista.[11] Su gobierno se caracterizó por su fomento del civilismo, el proteccionismo económico, el conservadurismo como doctrina política estatal, y la promoción de la educación.Durante su mandato, Márquez se vio obligado a tomar varias licencias temporales, siendo en todas ellas reemplazado por su vicepresidente Domingo Caycedo, quien ya había ocupado la presidencia en otras asuencias presidenciales.[12][13] Hombre moderado en sus costumbres, Márquez impulsó políticas económicas de austeridad, para lograr sanar las finanzas públicas.Estimuló la industria nacional a través del tabaco, producto que había caído en decadencia desde la época hispánica y promovió la agricultura a través del modelo proteccionista, y luchó por mantener estable el crédito público.Márquez se mostró en abierta contradicción con el librecambismo, al que culpaba de la decadencia de ciudades y pueblos que antes eran prósperos centros comerciales del país como Pamplona, Socorro y Tunja.Se sabe que esta medida buscaba contentar a los esclavistas, importantes dentro del gobierno de la época.[18] Márquez designó como encargado de la situación al general y exvicepresidente José María Obando, quien era muy popular en la región.El apoyo del presidente ecuatoriano Juan José Flores a las tropas colombianas generaron un gran malestar nacional.También dedicó el resto de su longeva vida a la enseñanza del Derecho.Pese a que los Márquez no eran precisamente una familia acomodada, el padre de José Ignacio adquirió una finca agrícola y llegó a ocupar varios cargos públicos, luego de que la familia se estableciera en Ramiquirí, donde nació Márquez.Su hermana Ana María de Márquez contrajo nupcias con Valentín Ferro.[27] Contrajo matrimonio con María Antonia del Castillo y Vargas Machuca, en Sotaquirá, en 1827, cuando estaba en la intendencia de Boyacá.Su hija mayor se casó con Luis María Cuervo Urrisari, hermano del escritor y estudioso de la lengua castellana Rufino Cuervo Urrisari; ambos, a su vez, eran hijos del prestigioso político y abogado neogranadino Rufino Cuervo Barreto, quien se encargó de la presidencia en 1847 cuando el entonces presidente Tomás Cipriano de Mosquera se ausentó, y del que fue su vicepresidente de 1845 a 1849.[29] En 2013, el Consejo de Estado encabezó un homenaje a Márquez en la ciudad, donde asistieron altos dignatarios del país.
Retrato presidencial de Márquez.
Obando en 1842, Museo Nacional de Colombia.
Mosquera en 1842, Museo Nacional de Colombia, Bogotá.
Retrato civilista de Santader.
Monumento en honor a Márquez, Ramiquirí, Colombia.