Guerra de los Supremos
Dicha rebelión iniciada por líderes religiosos fue aprovechada por los caudillos del sur, conocidos como los Supremos, que buscaban hacer oposición al gobierno de Márquez.
Muchas provincias no tuvieron mayor importancia durante la colonia en cuanto a referentes militares, políticos, clericales, económicos y sociales se refiere.
La nueva política republicana hizo surgir trabajadores en los nuevos cargos administrativos, no solo en la burocracia sino en la defensa, pues cargos como el ministro de la guerra o del interior son cargos que se crearon después de la independencia, lo que empezó a desarrollar intelectualmente a personas que se preocuparan por su región y aptas en la administración regional y nacional.
El gobernador Antonio José Chávez negoció un acuerdo con los rebeldes pero este fue desconocido por el presidente Marquéz, quien ordena al general Pedro Alcántara de Herrán trasladarse a Pasto por el camino del Quindío.
[5] El carácter religioso de la rebelión fue excusa para que se lanzaran a la guerra los caudillos liberales regionales llamados los "Supremos".
[6] Sus motivos primordiales fueron los siguientes: ampliar su poder con razón de rechazar al centralismo, realizar sus deseos personales dando cabida aquí sus ambiciones o simplemente vengar alguna ofensa.
Las guerrillas reiniciaron pues, los religiosos encabezados por el padre Villota desterrados al declarar la anexión de Pasto al Ecuador, Tomás Cipriano de Mosquera y Pedro Alcántara Herrán entraron en contacto con el presidente de Ecuador Juan José Flores quien ofreció apoyo para sofocar la rebelión, este fue autorizado por su Congreso para enviar tropas a la Nueva Granada, unos 2000 soldados ecuatorianos cruzaron la frontera.
Stewart después de haberse entrevistado con el presidente Pedro Alcántara Herrán, transmitió los términos y los comisionados rebeldes llegaron a Ocaña, Manuel Murillo Toro, Emeterio Ospina, Pablo Villar y Pablo Alcázar, acompañados por el secretario de la Legación británica.
[10] El general Flores ingresó hasta Pasto con un batallón ecuatoriano que, en conjunto con fuerzas comandadas por Herrán derrotaron a Obando en Hulquipamba.
Con la guerra se definieron más claramente los bandos que pasarían a estar en punta por el gobierno del país durante el siguiente siglo: liberales federalistas y los conservadores centralistas.
El caudillismo fue el motor de la confrontación en un país que aún no tenía una unidad nacional definida.
