En los años siguientes realizó varias comisiones para el gobierno y en 1815 nombrado jefe de la guardia nacional del congreso.

Serían apenas 2.000 bogotanos, infantería de artesanos principalmente, reclutados por Neira cuando recorrió las calles de la capital a caballo y lanza en mano según cuenta Joaquín Posada Gutiérrez en sus Memorias histórico-políticas (también aprovechó de destruir las imprentas santanderistas para atemorizar a la oposición).

[3]​ Por un momento, la vanguardia del gobierno estuvo a punto de ser rodeada por un enemigo muy superior en número pero una carga liderada personalmente por Neira, que es herido gravemente en una pierna por una lanza al comienzo del combate, puso en fuga a los rebeldes.

Los llaneros, viendo muerto a su jefe, huyeron y arrastraron al resto de la columna revolucionaria.

Además se dispuso que una sala del Museo nacional portase el nombre de Neira.