En la primera versión, la palabra estaría compuesta por los vocablos cho (bueno),[10]​ con, contracción de compa (amigo, camarada, compañero)[11]​ y ta (labranza, huerta, sementera).

[13]​ De acuerdo con la segunda versión, el vocablo chocon sería adaptación hispana de zoquyn, que significa «en el páramo», siendo choco- «páramo», del muysca zoquy,[14]​ y la -n implica localización,[15]​ mientras que la palabra ta significa «labranza».

[6]​ La versión de fray Pedro Simón podría tener relación con una leyenda local según la cual un chyquy (sacerdote muysca) le profetizó a una muchacha que el dios del sol la fecundaría si subía un día, al amanecer, a la cima del cerro Choque, y que el hijo que tendría de esa unión sería un gran cacique, fundador de un pueblo insigne.

Sin embargo, la etimología más conocida para la palabra Chocontá, aunque infundada, es la propuesta por el historiador Acosta Ortegón.

[22]​ Las veredas que integran el área rural son las siguientes: Agua Caliente, Aposentos, Boquerón, Capellanía, Chinatá, Chingacío, Cruces, Guanguíta, Hato Fiero, Manacá, Mochila, Pueblo Viejo, Retiro de Blancos, Retiro de Indios, Santa Bárbara, Saucío, Soatama, Tablón, Tejar, Tilatá, Turmal y Veracruz Durante la época precolombina, Chocontá fue un poblado muisca; era uno de los once uta (poblados, o aldeas) que integraban el zibyn (clan) de Guatavita, dentro del territorio que en la Confederación Muisca correspondía al Zipazgo.

Cuando Michúa se enteró del ataque, reunió un ejército de 60.000 güechas (guerreros muiscas)[28]​ con los que se dirigió rápidamente hacia Chocontá, a donde llegó antes que el zipa, lo cual fue aprovechado por el zaque para abastecerse de víveres y hacer descansar a sus hombres.

La noticia se propagó rápidamente entre sus hombres, pero Zaquesazipa, sobrino de Nemequene y hermano menor del futuro zipa Tisquesusa, impidió la deserción, ordenando una retirada cuidadosa.

El zaque Quemuenchatocha volvió a Hunza satisfecho por no haber perdido tierras, mientras que Nemequene fue trasladado, durante cinco días y cinco noches, sin parar, hasta su palacio de Funza, donde fue atendido por sus chyquy (sacerdotes muiscas) sin resultados.

Sin embargo, la facción muisca que apoyaba a los españoles como aliados contra los panches no tenía el apoyo de la corte del psihipqua Tisquesusa, que quería expulsar a los extranjeros de sus tierras.

El zipa previno también que los hombres que enviaba se vistieran como los chocontaes, cuyos trajes eran diferentes de los de los bacataes; al mismo tiempo, envió por delante un mensajero a Chocontá para prevenir a su utatiba del plan.

Los cronistas españoles registraron que, al llegar Quesada a Chocontá, había un gran número de viviendas y una población abundante.

El poblado estaba situado justo frente al actual, al otro lado del río Funza (antiguo nombre del río Bogotá), en el lugar que hoy se conoce como Pueblo Viejo.

La noche en que Quesada y sus hombres llegaron a Chocontá, un soldado llamado Cristóbal Ruiz enloqueció repentinamente, mostrando todos los signos de haber perdido la razón; se comportaba de forma extraña, gritaba furioso y decía incoherencias; esa misma noche, otros cuatro españoles experimentaron los mismos síntomas, y a la mañana siguiente eran ya más de cuarenta.

Esto causó gran alarma entre Quesada y los demás hombres que no habían sido afectados; sin embargo, la noche del segundo día los enfermos empezaron a reponerse.

[45]​ Tiempo después, la Corona española le concedió al pueblo el título de «Leal y Noble Villa».

[31]​ En 1581 llegó a Santafé de Bogotá el licenciado Juan Bautista Monzón como visitador real.

[42]​ Ese mismo año, debido a que las autoridades españolas habían prohibido la poligamia, que entre los muiscas era una práctica común, el cacique del repartimiento de Chocontá, don Pedro Siramuchegua, fue llamado a juicio por mantener relaciones maritales con varias mujeres en su hogar.

El cacique se defendió diciendo que esas mujeres no eran sus esposas, sino que solo se encargaban de ayudarle en las labores domésticas; no obstante, el cacique fue condenado a pagar una multa de veinte pesos.

[51]​ En 1687, siendo cura don Ignacio Garzón, se inició la primera reforma a la estructura arquitectónica de la iglesia.

Posteriormente, en 1755, el sacerdote franciscano fray Antonio Mutiens gestionó otra reconstrucción que solo se inició en 1762, bajo la dirección del albañil Alejandro Espinosa.

Con el despliegue de la guerrilla independentista en Chocontá, Suesca, Tibirita, Nemocón, Ventaquemada y Ubaté, los hermanos Almeidas lograron importantes victorias sobre las tropas realistas.

Estos hechos hicieron que el virrey Sámano ascendiera a Carlos Toirá al grado de coronel.

El único independentista que no fue ejecutado en ese momento fue Juan José Neira, quien fue enviado como prisionero a Santafé para que allí fuera ejecutado en presencia del virrey; sin embargo, Neira logró escapar en el camino, lanzándose por un precipicio.

Esta última estaba formada por los cantones de Guateque, Ubaté y Chocontá, con 21 distritos parroquiales.

El 21 de abril, Tomás Herrera fue proclamado presidente de la República en la casa cural, también llamada casa rectoral, que le sirvió como residencia durante unos días, y desde donde el gobierno legítimo organizó las primeras tropas para derrocar al dictador Melo.

En 1880 fue demolida la antigua iglesia colonial por fallas estructurales y al año siguiente se inició la construcción de la actual, a cargo del sacerdote Calixto Belver; sin embargo, las dos torres no fueron concluidas sino hasta mediados del siglo XX.

Por otra parte, cada vez se da más importancia a la industria del turismo, tanto ambiental como cultural y de recreación.

Otras vías menores se dirigen a la Laguna de Suesca, Cucunubá y Ubaté.

El centro del escudo es un círculo verde oscuro rodeado por un lazo doble de color dorado.

En su interior se disponen los siguientes elementos: En la parte superior, una cruz, que simboliza la religión católica; el travesaño vertical de la cruz descansa sobre una corona dorada en su parte exterior y carmesí en el interior que representa a la Corona española.