Ezequiel y sus hermanos quedaron huérfanos a temprana edad.

Posteriormente ingresó al colegio de don Ulpiano González.

Hizo parte del Colegio de San Bartolomé para luego cursar estudios de literatura y filosofía en la Escuela General de la Universidad del Primer Distrito y terminar sus estudios superiores con maestros particulares en casa.

Desde 1852 empezó la publicación de sus artículos en el New York Herald, Annalen der Chemie und Pharmacie y The Pharmaceutical Journal.

Este mismo año publicó Mapoteca colombiana: colección de los títulos de todos los mapas, planos, vistas, etc., relativos a la América española, Brasil e islas adyacentes.

Un año más tarde emprende su segundo viaje a Europa.