No existe un claro consenso sobre el lugar de su nacimiento; algunos cronistas lo sitúan en Granada y otros en Córdoba en 1509.

Esto dificultó aún más la labor del nuevo gobernador, que intentaba pese a todo suplir las necesidades de su población.

Alonso Luis Fernández de Lugo, en su expedición, tomó un gran botín con el cual se embarcó en secreto para España, sin que su padre lo supiera.

Lo máximo a lo que habían llegado eran 50 o 60 leguas río arriba, hasta la provincia de Sompallón.

Hasta este punto la expedición fue muy dificultosa por las cerradas selvas y el fuerte caudal del río.

El resto de los indios consumían sal elaborada con orina humana y con ciertas palmas que se molían hasta hacer un polvo salino.

Ante estas noticias, siguieron los españoles explorando hasta llegar a las Serranías del Opón, caminando por alrededor de 50 leguas.

El General envió entonces al Capitán San Martín a cerciorarse de la noticia y obtener datos más completos.

A esa hora cesó el ruido y Quesada salió con algunos hombres, aprovechando la luz de la luna llena, para averiguar la causa del repentino silencio.

[17]​ Continuaron la marcha hasta el pueblo de Ubazá, situado a inmediaciones del río Saravita.

Los españoles desataron al anciano y lo dejaron ir, pero pensando entonces los guachetaes que los extranjeros querían carne joven, arrojaron desde una peña a dos o tres niños de pecho.

Ante los gritos del indio Pericón, intérprete de los españoles, los guachetaes se detuvieron y no arrojaron más niños.

[19]​ Después les enviaron los indios a una mujer y un hombre maniatados junto con un venado para que los españoles se los comieran.

Los espías le hablaron al psihipqua de los caballos, a los que llamaban "venados grandes" en su lengua.

Muchos güechas llevaban a la espalda las momias de insignes guerreros que habían muerto en batalla.

Los güechas que habían sido vencidos en Nemocón huyeron con rapidez y se refugiaron en la fortaleza militar de Busongote, en Cajicá.

[18]​ Desde Cajicá partieron los conquistadores hacia Chía, poblado de abundante población, extensos cultivos y grandes construcciones.

Entretanto, descansaron en aposentos bien dispuestos por el utatiba de Suba, y pasados los quince días, partieron hacia Funza.

Los cronistas españoles registraron que, al llegar Quesada a Chocontá, había un gran número de viviendas y una población abundante.

Esto causó gran alarma entre Quesada y los demás hombres que no habían sido afectados; sin embargo, la noche del segundo día los enfermos empezaron a reponerse.

Los jinetes se enfilaron por delante a alguna distancia de la infantería para asegurar una mejor defensa, esperando las órdenes del Capitán Suárez Rendón.

Entonces se dirigieron a la casa más grande y vistosa del palacio, abriéndose paso con cautela entre la multitud de personas atemorizadas.

Sagipa se volvió melancólico y no respondía ya a las preguntas de los españoles, guardando silencio en todo momento.

Jiménez de Quesada organizó entonces un juicio, poniendo como abogado defensor del cacique a su hermano Hernán.

Además, las montañas del Oriente ofrecían una defensa natural contra el ataque de cualquier enemigo.

[40]​ Sin embargo, ese día no quedó Santa Fe fundada de acuerdo a todos los actos jurídicos que se debían llevar a cabo, pues el general conservó el gobierno militar y no nombró Cabildo, lo que hubiera dado inicio al gobierno civil.

[43]​ Ante el mensaje enviado por Belalcázar, Jiménez de Quesada se negó por completo a aceptar los términos.

[44]​ Después se prepararon los tres generales para partir hacia España, aprestándose al efecto embarcaciones en Guataquí, a orillas del río Magdalena.

Por lo tanto debió regresar derrotado a Santa Fe en diciembre de 1572 con tan solo 64 españoles, 4 nativos, 18 caballos y dos sacerdotes.

Mientras se verificaban estos trámites, ya habían iniciado nuevas diligencias para fundar más planteles educativos por otras órdenes religiosas.