Posteriormente se dedicó a la investigación histórica y cultural, siendo importantes sus estudios del idioma español, la obra de colombianos como Rufino José Cuervo y Antonio Nariño,[6]​[7]​[8]​ y la época de la independencia de Colombia.

[9]​[10]​ Santos defendió, tras varios años de investigaciones exhaustivas, que la muerte del poeta José Asunción Silva, no obedeció a un suicidio por asuntos románticos, sino a un homicidio fraguado por sus socios, que involucraba hasta al propio presidente la época de los hechos, Miguel Antonio Caro.

[12]​ Sus obras le valieron pertenecer a la Academia Colombiana de Historia y la Academia de Historia de Bogotá, así como las condecoraciones como "Orden mérito a la democracia" y "Orden civil al mérito José Acevedo y Gómez".

[13]​ Como columnista destacó por sus opiniones muchas veces diametralmente opuestas a las posturas que adoptaba su familia sobre temáticas de la vida nacional,[14]​[15]​[16]​ tales como la reserva Van Der Hammen y el conflicto armado interno.

Su tío estaba casado con Lorenza Villegas Restrepo, con quien tuvo a Clara Santos Villegas, quien murió de dos años de escarlatina, por lo que la pareja no dejó descendencia.