Desde hace varias décadas se han desarrollado programas e iniciativas para descontaminarlo.En este sitio, el río empieza su torrentoso descenso entre encañonados valles en busca del río Magdalena pasando por los municipios de San Antonio del Tequendama, Tena, La Mesa, El Colegio, Anapoima, Apulo, Tocaima, Agua de Dios, Ricaurte y Girardot.El río Bogotá desemboca a 280 m s. n. m. en el Magdalena, en la ciudad de Girardot, tras descender 3.020 metros.Entre los metales tóxicos que lleva su cauce están el cadmio, cromo, mercurio, zinc, arsénico y plomo.Se prevé que todas las obras deben estar en operación entre 2021 y 2025.La EAAB posee una bocatoma en el río a la altura de la vereda Tibito, en Tocancipá.La empresa ENEL posee una planta termoeléctrica en la cuenca alta, y siete plantas de generación hidroeléctrica en la cuenca baja del río que se alimentan de sus aguas.En orden descendente son: Zipaquirá Soacha San Antonio del Tequendama El Colegio Las aguas del río son utilizadas para refrigeración y usos industriales que no requieren agua potable en la zona de Chusacá.Si bien no es un río caudaloso, existen embarcaderos para el transporte de pasajeros en lanchas.
