Con el tiempo, el clima se hizo más cálido y el fondo del lago empezó a levantarse.
[5] La cultura muisca los convirtió en centros ceremoniales y fuente de alimentación.
En todas las etapas del individuo se consagraba en el agua y la diosa Sie o Sia lo acompañaba desde su nacimiento hasta la muerte.
En el idioma muisca el humedal se llamaba chupqua, palabra que designaba un lugar bueno para la pesca o un pezón (aquello de lo cual se extrae la leche o el alimento).
Las actuales carreras seguían el eje de norte a sur desaguando en los ríos que bordeaban la ciudad: el San Francisco y el San Agustín, que vierten sus caudales en los humedales del occidente de la región.
Durante la el periodo español, se consolidó un sistema de desagüe primitivo.
En 1580 se suplían las necesidades de consumo de agua, de las fuentes de los ríos San Agustín, San Francisco, Salitre, Fucha y Tunjuelo, las aguas residuales se revertían a los mismos ríos mediante caños o zanjas improvisadas, contaminando el agua que consumían incluyendo los humedales ya que los españoles observaron las prácticas rituales que los muiscas realizaban en torno a estos ecosistemas, crearon todo un sistema de destrucción para eliminar creencias que las consideraban “prácticas satánicas” considerándolos espacios marginales que atentaban a contra el desarrollo económico y social de la región.
Hacia el siglo XVIII la ciudad duplicó su población, con relación a 1580 (10 000 habitantes); lo anterior ocasiona un incremento en el abastecimiento de agua potable con tres precarios acueductos que conducían el agua por gravedad: Aguavieja, Aguanueva y San Victorino.