En el sistema TransMilenio inicialmente se implementó una uniformidad total en cuanto a color de los buses articulados, sin importar la ruta, actualmente el color rojo se mantiene y se combina con otros según el tipo de bus: extremos amarillos para el biarticulado, extremos grises para el bus dual, franjas verdes para los buses duales híbridos y ambientalmente sostenibles.

En el año 2002, el 2 de febrero, se inaugura la tercera cabecera conocida como el Portal Norte, y el 16 de febrero entra en operación el ramal del Tunal con las estaciones Parque, Biblioteca y la cuarta cabecera conocida como el Portal Tunal.

[26]​ La obra fue finalizada en diciembre del 2014 pero debido a desacuerdos entre TransMilenio y la Alcaldía de Soacha no fue puesta en funcionamiento hasta 2016.

[27]​[28]​ Es un sistema cuya infraestructura (vías y estaciones), se desarrolla con recursos públicos, y la administración, planificación y organización del sistema la hace una empresa pública, TransMilenio S.A.[29]​ Los vehículos son propiedad privada, el recaudo lo hace igualmente una empresa privada: Recaudo Bogotá para la todas las fases de TransMilenio y el SITP, el Distrito de Bogotá recibe parte de las utilidades, con las que debe mantener la infraestructura del sistema.

La zonificación divide las troncales en 12 líneas o zonas que tienen letras y colores diferentes.

Los mapas cambiaron en cada estación, para mostrar los servicios específicos a la estación en cuestión y la manera de llegar a las demás zonas del sistema desde allí.

C96-G96, K97-L97, M99-F99) fueron eliminados exceptuando al K98-G98, que se modificó para pasar a denominarse K42-G42 con buses biarticulados operando de la misma forma.

Una semana después fueron reemplazados por rutas expresas que operaban solamente de lunes a sábado.

[41]​ El sistema también cuenta con tarifas preferenciales que le da beneficios para adultos mayores (personas mayores de 62 años), personas en condición de discapacidad y usuarios afiliados al SISBÉN con algunas condiciones.

Las personas en condición de discapacidad cuentan con un subsidio de $29 500 abonados mensualmente a la tarjeta Tullave personalizada, se mantienen los mismos precios plenos en la tarifa pero el beneficio se refleja en la carga mensual que reciben en sus tarjetas.

[43]​ El ingreso a TransMilenio se hace mediante tarjetas inteligentes sin contacto (Mifare e Infineon), adquiridas o recargadas en las taquillas, o en la red de recarga externa de Tullave en la ciudad.

En la actualidad existen varios tipos de tarjetas, siendo administradas por un solo operador de recaudo, por tanto se expiden todas bajo la denominación "Tu llave" (Básica, Plus y Plus Especial), anteriormente el sistema tuvo otro operador cuyas tarjetas fueron descontinuadas.

[46]​ Homóloga de la tarjeta Cliente Frecuente, introducida al inaugurar la Fase III.

[49]​ Actualmente las siguientes instituciones ofrecen este servicio: AV Villas, Banco de Bogotá, Bancolombia, Codensa, Davivienda, Itaú, Scotiabank Colpatria y Rappi.

Los domingos y festivos este mismo servicio funciona de 04:00 hasta las 23:30, aunque las rutas son menos numerosas y por ende la oferta de buses se reduce considerablemente.

Cuentan con tableros electrónicos y un sistema de altavoz que indican las próximas paradas.

Con la licitación de los nuevos buses, TransMilenio ordenó aproximadamente 1440 buses con tecnología Euro 5 y Euro 6 a gas natural, reduciendo así un 95% de material contaminante particulado.

Cuentan con tableros electrónicos y un sistema de altavoz que indican las próximas paradas.

[60]​ Los autobuses que usualmente circulan por la Troncal de la Carrera Décima, operados por Consorcio Express S.A.S., con carrocería Busscar Urbanuss Pluss S3, además el Bus de Blue Bird Sigma tienen carrocería Blue Bird Sigma, con chasis Thomas Built con el número N530 y mientras que los autobuses que circulan por la Troncal Calle 26, operados por GMÓVIL S.A.S, cuentan con carrocería Marcopolo Gran Viale BRS, ambos con chasis Volvo B215RH, incluidos buses con carrocería Busscar Urbanuss Pluss S5, con chasis Volvo B8R.

[71]​ La característica que sobre sale en comparación a los buses anteriores son las sillas laterales que al estar en esa posición aumenta la capacidad de usuarios de pie al 15%.

Cada bus cuenta con "una caja negra" que permitirá hacer seguimiento a cada procedimiento de la operación.

[79]​ Poco después apareció un vídeo en las redes sociales en las que se mostraba dos buses del Sitramss de San Salvador en el Portal Usme,[80]​ y se esparció el rumor que los buses nuevos eran repintados y presentados como nuevos en Bogotá.

[81]​ Transmilenio salió a desmentir el hecho e indicó que los buses salientes eran donados al sistema de San Salvador.

[89]​ Vandalismo A solo días de entrar en función la nueva flota, cinco buses fueron atacados por desconocidos partiendo vidrios, rayándolos y pintándolos con grafitis[90]​ con un costo que superó los 10 millones de pesos colombianos cada uno.

[96]​ El proyecto contempla la construcción de 17 km entre la Autopista Sur y la Carrera Séptima con calle 100, 21 estaciones de BRT, 16,9 km de ciclorruta, 6 puentes vehiculares, 8 pasos deprimidos, 13 puentes peatonales y atravesará diez localidades: Usaquén, Chapinero, Barrios Unidos, Suba, Engativá, Teusaquillo, Fontibón, Puente Aranda, Kennedy y Tunjuelito.

[107]​ El proyecto es gestionado por la Empresa Férrea Regional, propiedad del gobierno departamental de Cundinamarca.

Además se espera que tenga una estación cabecera, así como un patio con capacidad para 124 buses biarticulados.

[111]​ En 2007, se finalizaron los estudios y diseños de la troncal de la carrera Séptima; sin embargo la licitación para construir la troncal no se llevó a cabo y los estudios fueron archivados.

[115]​ Luego, se realizaron unos nuevos diseños para construir una troncal más económica que no requería adquirir predios y sin carriles de sobrepaso en las estaciones.

En enero del 2016 se anunció que la troncal de la carrera Séptima entre la estación Museo Nacional - FNG en la calle 32 y la calle 170 se construirá de acuerdo a los diseños realizados inicialmente en el año 2007.